Ninja Rantaro (Nintama Rantarou) (1993). Menceritakan petualangan Rantarou, Kirimaru, dan Shinbei, tiga murid di sekolah ninja. Anime ini lebih berfokus pada komedi dan kehidupan sehari-hari mereka di sekolah, dengan berbagai situasi lucu dan menghibur.

Flame of Recca (Rekka no Honoo) (1997). Mengisahkan tentang Recca Hanabishi, seorang remaja yang bercita-cita menjadi ninja dan menemukan bahwa dirinya memiliki kemampuan mengendalikan api. Dia bertarung melawan musuh-musuh kuat untuk melindungi orang yang dicintainya.

Katanagatari (2010). Walaupun tidak sepenuhnya bertema ninja, anime ini mengikuti Togame dan Shichika dalam pencarian dua belas pedang legendaris yang memadukan seni bertarung tradisional Jepang dengan elemen ninja.

Nabari no Ou (2008). Mengisahkan tentang Miharu Rokujou, seorang remaja yang terlibat dalam dunia ninja tersembunyi bernama Nabari. Dia memiliki kekuatan misterius yang membuatnya menjadi target berbagai klan ninja.

Under Ninja (2023). Anime ini menceritakan tentang dunia modern di mana para ninja masih ada dan beroperasi di bawah radar masyarakat umum. Fokus utama cerita adalah Kudo, seorang ninja yang baru saja lulus dari akademi ninja dan sekarang ditugaskan untuk misi di dunia modern. Anime ini menggabungkan elemen aksi, komedi, dan kehidupan sehari-hari dengan latar belakang dunia ninja yang tersembunyi.

Ninja Kamui (2024). Anime ini mengikuti kisah Joe Higan, seorang mantan ninja yang telah meninggalkan masa lalunya untuk hidup dengan damai bersama keluarganya di Amerika Serikat. Namun, masa lalunya kembali menghantuinya ketika keluarganya dibunuh, dan dia harus kembali ke dunia ninja untuk membalas dendam dan melindungi orang-orang yang dicintainya.

Ninja Scroll (Juubee Ninpuuchou) (1993). Sebuah film anime klasik yang mengikuti petualangan Jubei Kibagami, seorang ninja pengembara, yang harus melawan delapan iblis yang kuat dan mencegah rencana jahat mereka.

Basilisk: Kouga Ninpou Chou (2005). Berlatar pada periode Sengoku, menceritakan perseteruan antara dua klan ninja, Kouga dan Iga, yang dipenuhi dengan pertarungan brutal dan intrik politik.