Benicio del Toro lahir dan dibesarkan di Santurce, Puerto Rico. Ia adalah putra Gustavo Adolfo del Toro Bermudez dan Fausta Genoveva Sánchez Rivera. Keduanya adalah pengacara. Ia memiliki kakak, Gustavo, yang merupakan ahli onkologi pediatrik di Mount Sinai Medical Center di New York City. Saat kecil, julukan Del Toro adalah "Skinny Bin Benny" dan "Beno". del Toro sempat mengenyam pendidikan bidang bisnis di University of California, San Diego. Namun kesuksesan di bidang drama membuatnya putus kuliah dan memutuskan untuk mengejar karir sebagai aktor.

del Toro memulai karirnya sejak tahun 1980-an. Pada saat itu dia lebih banyak berperan sebagai penjahat. Film-film yang dibintanginya antara lain adalah MIAMI VICE, miniseri DRUG WARS: THE CAMARENA STORY, dan masih banyak lagi. Sejak saat itu, karirnya semakin menanjak.

Prestasi yang dicapai oleh del Toro semakin meningkat dari tahun ke tahun. Tahun 1998, del Toro dianugrahi Independent Spirit Award sebagai Aktor Pendukung Terbaik. Setelah itu berbagai macam penghargaan berhasil disabet oleh del Toro. Hingga saat ini belasan penghargaan telah dikoleksi oleh del Toro.