Film anime fantasi Belle mengisahkan Suzu Naito, siswi SMA yang tinggal di pedesaan Prefektur Kochi, Jepang. Sejak ibunya meninggal saat menyelamatkan seorang anak dari banjir, Suzu kehilangan semangat hidup dan tidak lagi mampu bernyanyi seperti dulu. Ia bahkan menyimpan rasa marah karena merasa ditinggalkan oleh sang ibu demi orang lain.

Kehidupan Suzu mulai berubah ketika sahabatnya, Hiro, mengajaknya masuk ke dunia virtual bernama U, sebuah platform digital yang memungkinkan penggunanya memiliki avatar berdasarkan data biometrik. Di sana, Suzu tampil sebagai avatar cantik bernama Bell. Ajaibnya, ia kembali bisa bernyanyi dan suaranya langsung memikat jutaan pengguna. Dalam waktu singkat, Belle menjadi bintang besar di dunia virtual tersebut.

Di tengah popularitasnya, Belle tertarik pada sosok misterius yang dikenal sebagai Dragon, pengguna kuat yang selalu diburu kelompok penjaga ketertiban bernama Justices. Meski ditakuti banyak orang, Dragon justru dicintai anak-anak karena dianggap sebagai pelindung mereka. Rasa penasaran membuat Belle semakin dekat dengannya dan perlahan mencoba mengungkap identitas asli sang pemuda misterius.

Di dunia nyata, Suzu juga membantu teman-temannya menghadapi kisah cinta dan persoalan pribadi mereka. Sementara itu, penyelidikannya terhadap Dragon membawanya pada fakta mengejutkan, Dragon sebenarnya adalah Kei, seorang siswa SMP yang mengalami kekerasan fisik dan verbal dari ayahnya. Kei berusaha melindungi adiknya, Tomo, dari penderitaan yang sama.

Ketika ancaman terhadap Kei semakin besar, Suzu memberanikan diri mengungkap identitasnya sebagai Belle kepada seluruh dunia virtual. Lewat lagu yang ia nyanyikan dengan tulus, Suzu berhasil mendapatkan kepercayaan Kei. Namun situasi menjadi semakin berbahaya saat ayah Kei mengetahui bahwa bukti kekerasan yang dilakukannya telah tersebar.

Berbekal petunjuk yang ada, Suzu pergi mencari Kei dan Tomo hingga ke daerah dekat Kawasaki. Dengan keberanian yang luar biasa, ia melindungi kedua bersaudara itu dan membantu mereka keluar dari lingkaran kekerasan. Pengalaman tersebut membuat Suzu akhirnya memahami pengorbanan ibunya di masa lalu. Ia berdamai dengan kehilangan, memperbaiki hubungannya dengan ayahnya, dan membuka lembaran baru dalam hidupnya.