Film drama fantasi misteri Cafe Midnight: Missing Honey mengisahkan sebuah kafe misterius bernama Cafe Midnight yang terletak di jalan lereng gunung dan tidak pernah muncul di peta. Kafe tersebut memiliki kemampuan unik untuk melampaui batas ruang dan waktu, sehingga mempertemukan orang-orang dengan takdir yang tak terduga.

Cerita berfokus pada Namgoong Yoon yang berlari panik di malam hari sambil mengenakan gaun pengantin. Ia sedang mencari calon suaminya, Ahn Tae-young, yang tiba-tiba menghilang menjelang pernikahan mereka. Dalam keputusasaan, Yoon menemukan Cafe Midnight dan bertemu dengan pemilik kafe yang misterius.

Saat menceritakan kehilangannya, Yoon justru bertemu kembali dengan Tae-young di dalam kafe tersebut. Namun, kebahagiaannya berubah menjadi kebingungan ketika Tae-young tidak mengenalinya sama sekali. Dari sinilah Yoon mulai berusaha mengungkap misteri di balik hilangnya sang tunangan sekaligus rahasia yang tersimpan di Cafe Midnight, tempat di mana waktu dan kenyataan tidak berjalan seperti biasanya.