Film Emancipation berlatar di Amerika Serikat pada tahun 1863, di tengah masa Perang Saudara. Cerita mengikuti seorang budak bernama Peter yang hidup bersama istri dan anak-anaknya di sebuah perkebunan kapas di Louisiana.

Suatu malam, hidup Peter berubah drastis ketika ia ditangkap secara paksa oleh pemilik perkebunan bernama John Lyons dan sekelompok pria bersenjata. Ia dipisahkan dari keluarganya dan dibawa ke kamp Konfederasi untuk dijadikan pekerja paksa.

Di kamp tersebut, Peter dan para budak lain dipaksa bekerja keras dengan kondisi yang sangat buruk. Mereka kekurangan makanan, diperlakukan dengan kejam, bahkan dihukum berat jika mencoba melawan atau melarikan diri.

Di tengah penderitaan itu, Peter terus memberi semangat kepada sesama budak agar tetap bertahan dan tidak kehilangan harapan. Ia percaya bahwa suatu hari mereka akan bebas.

Suatu saat, Peter akhirnya memberontak setelah menyerang salah satu penjaga. Ia bersama beberapa budak lain melarikan diri ke rawa rawa Louisiana, sementara para pemburu budak mengejar mereka tanpa henti.

Perjalanan Peter menjadi perjuangan hidup dan mati. Tanpa bekal dan harus menghadapi alam liar serta para pengejar, ia terus bergerak menuju wilayah yang dikuasai pasukan Union di Baton Rouge.

Ketika hampir tertangkap kembali, Peter diselamatkan oleh tentara Union yang menembak pemburu budak tersebut. Ia kemudian dirawat di rumah sakit militer.

Di sana, foto punggung Peter yang penuh bekas luka cambukan diambil dan kemudian menyebar luas di seluruh Amerika. Foto tersebut menjadi simbol kekejaman perbudakan dan memperkuat dukungan publik untuk penghapusan sistem tersebut.

Setelah pulih, Peter bergabung dengan pasukan Union dan ikut bertempur melawan Konfederasi. Ia berjuang tidak hanya untuk kebebasan dirinya, tetapi juga untuk membebaskan orang orang lain yang masih diperbudak.

Pada akhirnya, Peter berhasil kembali bertemu dengan istri dan anak anaknya setelah perang berakhir, sementara jutaan budak lainnya juga memperoleh kebebasan.