Film Harry Potter and the Order of the Phoenix dimulai ketika Harry Potter menghabiskan liburan musim panas di rumah keluarga Dursley. Suatu malam, Harry dan sepupunya, Dudley Dursley, tiba- tiba diserang oleh dua Dementor. Untuk melindungi diri, Harry menggunakan mantra Patronus dan berhasil mengusir makhluk tersebut.

Namun penggunaan sihir di luar sekolah membuat Ministry of Magic mendeteksi aksinya. Harry sempat dikeluarkan dari Hogwarts karena melanggar aturan, meski pada akhirnya ia dibebaskan dari hukuman setelah melalui sidang.

Harry kemudian mengetahui keberadaan Order of the Phoenix, organisasi rahasia yang didirikan oleh Albus Dumbledore untuk melawan kebangkitan Lord Voldemort. Dari organisasi ini, Harry menyadari bahwa Kementerian Sihir berusaha menutup-nutupi kabar kembalinya Voldemort agar tidak menimbulkan kepanikan.

Di markas Orde Phoenix, ayah baptis Harry, Sirius Black, menjelaskan bahwa Voldemort sedang mencari sebuah benda yang sebelumnya tidak ia miliki. Harry menduga benda tersebut adalah semacam senjata berbahaya.

Sementara itu, Menteri Sihir Cornelius Fudge menunjuk seorang guru baru di Hogwarts, Dolores Umbridge, sebagai pengajar Pertahanan Terhadap Ilmu Hitam. Umbridge menolak mengajarkan mantra pertahanan yang sebenarnya, sehingga sering berselisih dengan Harry yang bersikeras bahwa Voldemort telah kembali.

Karena dianggap berbohong, Harry dihukum menulis kalimat berulang kali menggunakan pena sihir yang mengukir tulisan tersebut langsung di tangannya. Sahabatnya, Ron Weasley dan Hermione Granger, sangat marah mengetahui hal itu. Namun Harry menolak melaporkannya kepada Dumbledore, yang justru menjaga jarak darinya.

Ketika Umbridge semakin menguasai Hogwarts dengan berbagai aturan ketat, Ron dan Hermione membantu Harry membentuk kelompok rahasia bernama Dumbledore's Army. Kelompok ini bertujuan melatih para siswa menggunakan mantra pertahanan yang sebenarnya.

Di sisi lain, Umbridge membentuk Inquisitorial Squad yang berisi murid- murid Slytherin untuk memata-matai siswa lain. Di tengah situasi sekolah yang semakin tegang, hubungan Harry dengan Cho Chang juga mulai berkembang menjadi perasaan romantis.