Setelah peristiwa musim kedua, Hilda (Bella Ramsey) terbangun dalam wujud troll akibat mantra pertukaran yang dilakukan Trylla (Miriam Margolyes). Saat berusaha melarikan diri dari Hutan Batu, ia membeku karena terkena sinar matahari. Di sisi lain, Johanna (Daisy Haggard) menyadari putrinya telah ditukar dengan bayi troll bernama Baba. Bersama Tontu, Alfur, dan Twig, Johanna berusaha mencari Hilda, tetapi mereka kesulitan menemukan jalan masuk ke Hutan Batu.

Sementara itu, Erik Ahlberg (Oliver Nelson) memberlakukan jam malam di Trolberg karena meningkatnya aktivitas troll. Hilda yang masih terjebak sebagai troll bertemu Trundle, seekor troll raksasa yang mengaku bisa mengembalikannya menjadi manusia jika ia membantu membebaskannya dari penjara lonceng yang selama ini mengurungnya. Meski ragu, Hilda menjalankan berbagai tugas untuk Trundle sambil mulai memahami kehidupan para troll dan hubungan mereka dengan kota Trolberg.

Di Trolberg, Frida (Ameerah Falzon-Ojo) dan David (Oliver Nelson) berusaha membantu Hilda melalui sihir. Sementara itu, Johanna akhirnya berhasil menemukan jalan menuju Hutan Batu. Hilda sendiri mulai curiga setelah melihat penglihatan misterius dari sebuah bola kristal merah milik Trundle. Penglihatan itu menunjukkan sosok raksasa menyerupai ibunya yang muncul dari bawah kota Trolberg, seolah memperingatkan bahaya besar yang akan datang.

Setelah berbagai kejadian menegangkan, Hilda berhasil bertemu kembali dengan Johanna. Trylla pun membalikkan mantra pertukaran sehingga Hilda kembali menjadi manusia dan Baba kembali menjadi troll. Namun semuanya terlambat ketika Trundle berhasil memperoleh kembali matanya dan mengungkap jati dirinya sebagai Raja Gunung, pemimpin troll legendaris yang ingin memimpin para troll menyerbu Trolberg demi merebut kembali hak mereka.

Ketika pasukan keamanan menyerang, Hilda menyadari bahwa di bawah Trolberg sebenarnya tertidur Amma, ibu dari seluruh troll. Jika pertempuran terus berlangsung, Amma akan bangun dan menghancurkan kota. Berkat usaha Hilda, Frida, Johanna, dan bahkan Ahlberg yang akhirnya memahami situasi, konflik berhasil dihentikan. Para troll kemudian dapat berkumpul kembali dengan Amma secara damai, dan Trolberg menciptakan tradisi baru bernama Malam Para Troll, sebuah perayaan tahunan yang perlahan menghapus rasa takut antara manusia dan troll. Setelah semuanya berakhir, Hilda tetap menjalin hubungan hangat dengan Trylla dan Baba, menandai awal perdamaian baru antara kedua dunia.