If Looks Could Kill mengajak kita mengikuti kisah Michael Corben (Richard Grieco), remaja 18 tahun dari Detroit yang terkenal santai dan kerap menunda-nunda, yang tiba-tiba terseret ke dunia spionase. Film ini juga menghadirkan Jennifer Crittenden sebagai guru bahasa Prancis Mrs. Grober, Mariska (Gabrielle Anwar) sebagai gadis pintar yang membantu Michael, serta Augustus Steranko (Roger Rees) sebagai penjahat utama. Cerita dimulai saat Michael menyadari bahwa ia tidak bisa lulus sekolah karena belum mendapatkan kredit kelas bahasa Prancis. Satu-satunya kesempatan adalah ikut kelas musim panas ke Prancis bersama Mrs. Grober dan anggota French Club.

Di bandara, terjadi kekacauan. Seorang agen CIA bernama Michael Corben tewas dibunuh oleh pembunuh bayaran Ilsa Grunt, yang bekerja untuk Steranko, seorang penjahat kejam yang berencana mencuri seluruh emas di Eropa untuk membuat koinnya sendiri. Karena identitas agen CIA tersebut dirahasiakan, Michael yang remaja ini keliru dianggap sebagai agen tersebut. Ia dibawa naik kelas satu ke Paris dan langsung dijemput oleh intelijen Inggris. Awalnya ia mencoba menjelaskan kesalahpahaman, tapi akhirnya memutuskan ikut bermain demi memanfaatkan gadget canggih seperti kacamata X-ray, permen karet peledak, sepatu LA Gear dengan suction cup, dan mobil Lotus Esprit.

Kehidupan Michael sebagai "agen" mulai menegangkan ketika para pembunuh Steranko, termasuk Zigesfeld dengan tangan emas palsu dan Areola Canasta dengan kalajengking berbisa, memburu nyawanya. Steranko juga menculik Mrs. Grober beserta teman-teman sekelas Michael dan menahan mereka di kastil terpencil. Dengan bantuan Mariska, putri agen Blade yang terbunuh oleh Steranko, Michael memulai misi penyelamatan dan perlawanan. Meskipun sempat ditangkap, Michael berhasil meloloskan diri, menyelamatkan guru dan teman-temannya, serta mengalahkan Zigesfeld dalam pertarungan sengit.

Pada klimaks, Steranko yang terungkap jahatnya mencoba kabur dengan Mariska dan emas Eropa menggunakan helikopter Eurocopter Ecureuil. Michael berhasil menyelamatkan Mariska, dan Steranko tewas saat jatuh bersama helikopternya beserta tumpukan emas yang dibawanya. Setelah semua beres, Mrs. Grober memberi Michael kredit kelas bahasa Prancis yang ia butuhkan, memastikan ia bisa lulus dan kembali ke kehidupan normal, tapi kini dengan pengalaman sebagai agen yang tak terlupakan.