Film kriminal gangster Infernal Affairs II menjadi prekuel yang mengungkap asal-usul konflik antara polisi dan organisasi Triad di Hong Kong pada era 1990-an.

Berlatar tahun 1991, cerita dimulai ketika Inspektur Wong Chi-Shing menjalin hubungan dengan informan Triad bernama Hon Sam. Di saat yang sama, Lau Kin-Ming direkrut untuk menjadi mata-mata Triad di kepolisian. Setelah bos keluarga Ngai, Ngai Kwun, terbunuh dalam sebuah konspirasi, putranya, Ngai Wing-Hau, mengambil alih kekuasaan dan mulai memperkuat pengaruh keluarganya di dunia kriminal.

Sementara itu, Chan Wing-Yan, putra tidak sah Ngai Kwun yang ingin hidup sebagai orang baik, dikeluarkan dari akademi kepolisian. Namun, Inspektur Wong melihat potensinya dan merekrutnya sebagai polisi yang menyamar di dunia kriminal. Chan kemudian menjalani kehidupan berbahaya sebagai anggota geng demi mengumpulkan informasi dari dalam.

Seiring berjalannya waktu, Lau semakin sukses di kepolisian berkat informasi yang diberikan kepada Triad, sedangkan Chan semakin dalam menyusup ke organisasi kriminal. Di tengah perebutan kekuasaan, pengkhianatan, dan pembunuhan, Wing-Hau berusaha mempertahankan kendalinya atas kerajaan keluarga Ngai. Namun berbagai rahasia masa lalu, termasuk konspirasi pembunuhan ayahnya, mulai terungkap dan memicu konflik berdarah di antara para tokoh utama.

Memasuki tahun 1997, perseteruan antara Wing-Hau, Hon Sam, dan pihak kepolisian mencapai puncaknya. Hon kembali ke Hong Kong untuk membalas kematian istrinya dan bersaksi melawan Wing-Hau. Di sisi lain, Chan berhasil memperoleh bukti penting yang dapat menjatuhkan keluarga Ngai. Serangkaian pengkhianatan dan aksi balas dendam akhirnya berujung pada tragedi yang mengubah nasib semua pihak.

Di akhir cerita, Wing-Hau tewas, Hon Sam semakin berkuasa di dunia kriminal, sementara Chan resmi menyusup ke organisasi Hon. Lau juga terus menanjak dalam karier kepolisian sebagai mata-mata Triad. Peristiwa inilah yang menjadi awal kisah dalam film Infernal Affairs.