Film anime Mobile Suit Gundam Hathaway: The Sorcery of Nymph Circe mengambil latar waktu tahun U.C. 0105, dua belas tahun setelah peristiwa besar yang dikenal sebagai Char's Rebellion.

Pada masa ini, sebuah organisasi rahasia bernama Mafty mulai melakukan perlawanan terhadap pemerintahan Earth Federation Government yang dianggap semakin tiran. Kelompok ini menentang kekuasaan Federasi dengan cara ekstrem, yaitu membunuh para pejabat tinggi pemerintah.

Pemimpin Mafty sebenarnya adalah Hathaway Noa, putra dari Bright Noa, seorang perwira legendaris yang pernah bertempur dalam One Year War bersama pilot terkenal Amuro Ray.

Di tengah perjuangannya, Hathaway bertemu dengan seorang gadis misterius bernama Gigi Andalusia yang memiliki kemampuan tak biasa. Kehadirannya mengingatkan Hathaway pada trauma masa lalu yang belum sepenuhnya ia lepaskan. Meski kata-kata Gigi membuatnya bimbang, Hathaway tetap bertekad menjalankan rencana besar Mafty.

Target utama mereka adalah melakukan serangan udara terhadap konferensi internasional di kota Adelaide. Hathaway berharap aksi tersebut bisa mengguncang kekuasaan Federasi sekaligus menuntaskan konflik batin yang selama ini ia pendam.

Sementara itu, dari pihak Federasi, seorang perwira bernama Kenneth Sleg ditugaskan menyiapkan operasi pertahanan untuk melindungi konferensi Adelaide sekaligus memburu organisasi Mafty.

Rencananya semakin rumit ketika ia didekati oleh agen Organisasi Polisi Kriminal, Handley Yoxon, yang datang dengan sebuah tawaran rahasia.

Saat Hathaway dan Kenneth bergerak menuju tujuan masing-masing, Gigi Andalusia juga memulai perjalanannya sendiri menuju Hong Kong untuk menjalankan perannya dalam konflik yang semakin besar.