Hanzo Hasashi (Hiroyuki Sanada), ninja dari klan Shirai Ryu, harus kehilangan istri dan putranya setelah desanya diserang oleh klan Lin Kuei yang dipimpin Bi-Han (Joe Taslim). Dalam pertarungan brutal, Hanzo kalah dan tewas, sementara bayi terakhir keturunannya berhasil diselamatkan oleh Raiden (Tadanobu Asano). Sejak saat itu, jiwa Hanzo terjebak di Netherrealm sambil menyisakan dendam besar pada Bi-Han.

Tahun 2021, Earthrealm berada di ambang kehancuran setelah Outworld memenangkan sembilan turnamen Mortal Kombat berturut-turut. Shang Tsung (Chin Han) lalu mengirim Sub-Zero alias Bi-Han untuk memburu para petarung bertanda naga yang dipercaya bisa menyelamatkan bumi. Salah satunya adalah Cole Young (Lewis Tan), petarung MMA yang hidup sederhana bersama keluarganya. Saat diserang Sub-Zero, Cole diselamatkan Jax Briggs (Mehcad Brooks) dan diarahkan menemui Sonya Blade (Jessica McNamee).

Cole, Sonya dan Kano (Josh Lawson) kemudian menuju kuil Raiden untuk berlatih bersama Liu Kang (Ludi Lin) dan Kung Lao (Max Huang). Mereka harus membangkitkan arcana, kekuatan khusus yang hanya dimiliki para petarung terpilih. Di tengah latihan, Shang Tsung mulai menyerang kuil lewat pasukannya. Kano malah berkhianat setelah dibujuk Kabal (Daniel Nelson), sementara Jax berhasil membangkitkan kekuatan supernya saat bertarung.

Di sisi lain, Cole akhirnya mengetahui bahwa dirinya adalah keturunan langsung Hanzo Hasashi. Saat keluarganya diserang Goro, Cole berhasil membangkitkan arcana berupa zirah khusus dan senjata tonfa. Bersama para pejuang Earthrealm, mereka mulai melawan satu per satu pasukan Outworld dalam pertarungan mematikan yang penuh aksi brutal dan balas dendam.

Puncaknya terjadi saat Sub-Zero menculik keluarga Cole demi memancing duel terakhir. Dalam kondisi terdesak, Cole menggunakan kunai milik Hanzo hingga membangkitkan Scorpion kembali ke dunia. Scorpion dan Cole akhirnya bekerja sama mengalahkan Sub-Zero dalam pertarungan sengit penuh api dan es. Setelah kemenangan itu, Raiden mulai menyiapkan petarung baru untuk turnamen berikutnya, sementara Cole pergi ke Hollywood untuk mencari Johnny Cage.