Festival Persahabatan di Equestria berubah jadi kacau saat Storm King menyerang lewat pasukannya yang dipimpin Tempest Shadow. Para putri ditangkap, tapi Twilight berhasil kabur dan diminta mencari bantuan ke luar negeri.

Twilight bersama Pinkie Pie, Rainbow Dash, Rarity, Applejack, Fluttershy, dan Spike memulai perjalanan. Mereka tiba di Klugetown dan bertemu Capper, kucing licik yang awalnya ingin menjual mereka, namun mulai berubah setelah merasakan arti persahabatan.

Mereka melanjutkan perjalanan dengan bantuan bajak laut dan menuju kerajaan hippogriff di Gunung Aris. Namun aksi Rainbow Dash tanpa sengaja mengungkap lokasi mereka ke musuh, membuat mereka harus kabur dengan balon.

Di bawah laut, mereka bertemu Putri Skystar dan Ratu Novo. Twilight nekat mencoba mencuri mutiara ajaib demi melawan musuh, tetapi rencananya gagal dan memicu konflik dengan teman-temannya hingga ia tertangkap Tempest.

Sementara itu, teman-temannya bersatu dengan sekutu baru untuk menyelamatkan Twilight. Di Canterlot, Storm King menyerap sihir para putri dan mengkhianati Tempest, menciptakan kekacauan besar.

Dalam pertarungan akhir, Twilight dan teman-temannya berdamai dan bekerja sama. Tempest berkorban menghentikan serangan Storm King, yang akhirnya hancur, dan sihir pun dipulihkan.

Festival kembali digelar, semua sekutu berkumpul, dan Tempest akhirnya menerima persahabatan, menemukan tempat baru bersama mereka.