Peter Rabbit dan keluarganya hidup bebas di pedesaan Inggris, sering mencuri sayuran dari kebun Tuan McGregor yang galak. Mereka juga dekat dengan Bea, perempuan baik hati yang merawat dan menyayangi mereka seperti keluarga sendiri.

Suatu hari, Tuan McGregor meninggal mendadak, membuat Peter dan hewan lainnya merasa bebas mengambil alih rumah dan kebunnya. Tapi kebahagiaan itu nggak berlangsung lama saat Thomas McGregor, pewaris rumah, datang dari London.

Thomas yang perfeksionis langsung mengusir semua hewan dan memperketat keamanan kebun. Hal ini memicu konflik antara Peter dan Thomas, yang berubah jadi “perang” penuh jebakan dan aksi kocak tapi juga berbahaya.

Di tengah konflik itu, Thomas dan Bea justru mulai dekat dan saling jatuh cinta. Situasi ini bikin Peter cemburu dan semakin nekat melawan Thomas, sampai akhirnya terjadi kekacauan besar yang merusak semuanya.

Kesalahan Peter berujung fatal ketika ledakan yang ia picu malah menghancurkan studio Bea dan merusak hubungan Bea dengan Thomas. Rasa bersalah pun membuat Peter sadar bahwa tindakannya sudah keterlaluan.

Demi memperbaiki semuanya, Peter dan Benjamin pergi ke London untuk membawa Thomas kembali. Mereka berusaha mempertemukan Thomas dan Bea sekaligus membuktikan kebenaran yang selama ini disalahpahami.

Pada akhirnya, mereka berhasil berdamai. Thomas belajar menerima kehadiran hewan- hewan, Peter juga jadi lebih bertanggung jawab, dan semuanya kembali hidup harmonis dengan cara baru.