Film petualangan fantasi Pirates of the Caribbean: At World's End dimulai ketika Lord Cutler Beckett berhasil menguasai lautan. Ia memerintahkan eksekusi terhadap siapa pun yang memiliki hubungan dengan dunia bajak laut di Port Royal. Beckett juga memaksa Davy Jones untuk menghancurkan semua kapal bajak laut dan bahkan memerintahkannya membunuh Kraken.

Di tengah situasi mencekam itu, para tahanan yang akan dihukum mati menyanyikan lagu 'Hoist the Colours', sebuah panggilan untuk mengumpulkan sembilan Pirate Lords dari seluruh dunia agar berkumpul di Shipwreck Cove dan mengadakan Brethren Court guna menghadapi ancaman Beckett.

Namun karena Pirate Lord Jack Sparrow tidak pernah menunjuk penerus sebelum ia terseret ke Davy Jones’ Locker, Hector Barbossa bersama Will Turner, Elizabeth Swann, Tia Dalma, dan kru Black Pearl yang tersisa merencanakan misi untuk menyelamatkannya. Mereka pergi ke Singapura untuk bertemu Pirate Lord Sao Feng yang memiliki peta navigasi menuju Davy Jones’ Locker. Pertemuan itu berubah menjadi pertempuran ketika pasukan East India Trading Company menyerang.

Di tengah kekacauan tersebut, Will diam-diam membuat kesepakatan dengan Sao Feng: ia akan menyerahkan Jack Sparrow sebagai imbalan kapal Black Pearl, yang ingin ia gunakan untuk menyelamatkan ayahnya, 'Bootstrap Bill' Turner, dari kapal Flying Dutchman. Kru akhirnya berhasil menyeberang ke Davy Jones’ Locker, menyelamatkan Jack Sparrow, dan merebut kembali Black Pearl.

Saat mereka meninggalkan tempat itu, mereka berpapasan dengan perahu-perahu yang membawa arwah orang mati, termasuk ayah Elizabeth, Gubernur Swann, yang telah dieksekusi oleh Beckett. Terungkap bahwa dewi laut Calypso pernah menugaskan Davy Jones untuk menuntun jiwa orang-orang yang meninggal di laut menuju alam berikutnya.

Sebagai imbalannya, setiap sepuluh tahun sekali Jones diizinkan kembali ke daratan untuk bertemu wanita yang dicintainya. Namun ketika sang kekasih tidak pernah datang menemuinya, Jones menjadi pahit dan mengutuk dirinya sendiri hingga berubah menjadi monster. Siapa pun yang membunuh Jones dengan menusuk jantungnya yang terpisah dari tubuh harus menggantikannya sebagai kapten Flying Dutchman.

Setelah kembali ke dunia nyata, Black Pearl singgah di sebuah pulau untuk mengambil persediaan air. Namun mereka diserang oleh pasukan Sao Feng dan anak buah Beckett. Saat Jack diam-diam menegosiasikan kebebasannya dengan Beckett, Elizabeth diserahkan kepada Sao Feng yang mengira ia adalah Calypso. Sementara itu, kru lainnya berlayar menuju Shipwreck Cove menggunakan Black Pearl. Jack kemudian mendorong Will jatuh dari kapal sebagai bagian dari rencananya untuk merebut kendali Flying Dutchman.

Sao Feng menjelaskan kepada Elizabeth bahwa Brethren Court pertama pernah mengikat Calypso dalam wujud manusia setelah dikhianati oleh kekasihnya, Davy Jones. Feng berniat membebaskan Calypso agar bisa mengalahkan Beckett. Namun dalam serangan Davy Jones, Sao Feng terluka parah. Sebelum meninggal, ia menunjuk Elizabeth sebagai penerusnya sebagai Pirate Lord.

Elizabeth dan kru lainnya kemudian dipenjara di dalam Flying Dutchman, di mana ia melihat Bootstrap Bill mulai kehilangan kewarasannya akibat kutukan kapal tersebut. Laksamana James Norrington akhirnya membebaskan Elizabeth dan kru dari penjara, tetapi ia tewas di tangan Bootstrap Bill yang sudah kehilangan kendali.