Film aksi komedi sekaligus drama Secretly, Greatly mengisahkan tiga agen rahasia elite Korea Utara yang menjalani misi penyamaran di Korea Selatan.

Sejak kecil, Won Ryu-hwan dan rekan-rekannya tergabung dalam Korps 5446, pasukan khusus elite yang dilatih untuk mengabdi pada negara dengan harapan suatu hari dapat membantu mewujudkan reunifikasi Korea. Mereka kemudian dikirim ke Korea Selatan dan hidup dengan identitas baru. Ryu-hwan menyamar sebagai pemuda desa yang dianggap bodoh, Lee Hae-rang berpura-pura menjadi calon musisi rock, sementara Lee Hae-jin menjalani kehidupan sebagai siswa SMA biasa.

Bertahun-tahun berlalu tanpa instruksi lanjutan dari Korea Utara. Perlahan, ketiganya mulai beradaptasi dengan kehidupan sederhana di lingkungan tempat mereka tinggal. Mereka menjalin hubungan dengan warga sekitar dan menikmati keseharian yang jauh dari dunia spionase.

Namun, kehidupan tenang itu berubah drastis ketika situasi politik di Semenanjung Korea memanas. Setelah meningkatnya ketegangan antara Korea Utara dan Korea Selatan, pemerintah Korea Utara memutuskan untuk menghapus jejak para agen rahasia yang masih aktif di Selatan. Korps 5446 pun menerima perintah mengejutkan: mengakhiri hidup mereka sendiri demi menjaga rahasia negara.

Di saat yang sama, instruktur mereka yang disegani, Kim Tae-won, dikirim melintasi perbatasan untuk mengeksekusi para agen yang menolak mematuhi perintah tersebut. Ketiga sahabat itu akhirnya harus memilih antara kesetiaan kepada negara atau mempertahankan kehidupan yang telah mereka bangun selama bertahun-tahun.

Film ini memadukan komedi, aksi, dan emosi yang kuat, memperlihatkan bagaimana persahabatan, pengorbanan, dan identitas diuji dalam situasi yang tidak terduga.