Film aksi drama Shaolin berlatar Tiongkok pada masa Era Panglima Perang, ketika kekuasaan dan pengkhianatan menjadi bagian dari kehidupan sehari-hari. Kisahnya berfokus pada Hou Jie, seorang panglima perang kejam yang berhasil mengalahkan rivalnya, Huo Long, dan menguasai wilayah Dengfeng. Setelah membunuh Huo Long yang berlindung di Kuil Shaolin, Hou bahkan meremehkan para biksu sebelum pergi meninggalkan kuil.

Kesuksesan Hou tak bertahan lama. Saat ia berusaha menjebak saudara angkatnya, Song Hu, wakil kepercayaannya sendiri, Cao Man, justru mengkhianatinya. Serangan yang direncanakan Cao membuat keluarga Hou hancur. Putrinya mengalami kecelakaan fatal dan meninggal dunia meski telah dibawa ke Kuil Shaolin untuk mendapat pertolongan. Sang istri yang dipenuhi kesedihan menyalahkan Hou atas tragedi tersebut dan memilih meninggalkannya.

Kehilangan keluarga, kekuasaan, dan kehormatan membuat Hou terpuruk. Dalam masa-masa sulit itu, ia ditolong oleh Wudao, seorang biksu juru masak Shaolin yang memberinya tempat tinggal dan kesempatan untuk memulai hidup baru. Perlahan, Hou menyadari kesalahan-kesalahan yang pernah dilakukannya dan memutuskan menjadi biksu demi menebus dosa masa lalunya.

Di Shaolin, Hou mempelajari ajaran Buddha dan seni bela diri, hingga akhirnya menemukan ketenangan yang selama ini tidak pernah ia rasakan. Namun kedamaian itu terusik ketika ia mengetahui Cao Man kini menggunakan pasukan untuk menindas rakyat, memaksa mereka mencari benda-benda bersejarah yang kemudian dijual kepada pihak asing demi keuntungan pribadi.

Tak bisa tinggal diam, Hou bersama para biksu berusaha menyelamatkan rakyat yang tertindas. Konflik memuncak saat Cao Man menyerang Kuil Shaolin. Di tengah pertempuran besar dan hujan tembakan artileri yang menghancurkan kuil, banyak biksu gugur demi melindungi para pengungsi.

Pada pertarungan terakhir, Hou berhasil mengalahkan Cao Man. Namun alih-alih membalas dendam, ia memilih mengorbankan dirinya untuk menyelamatkan mantan anak buahnya itu dari reruntuhan yang jatuh. Hou meninggal dengan damai di hadapan patung Buddha, sementara Cao Man diliputi penyesalan atas semua kejahatannya.

Meski Kuil Shaolin hancur, semangat dan ajaran Shaolin tetap hidup di hati para biksu dan rakyat yang berhasil diselamatkan, menjadi warisan yang tak pernah bisa dihancurkan oleh perang.