Di awal Clone Wars, pasukan Republik Galaksi terjebak di berbagai wilayah Outer Rim karena Separatis berhasil menguasai banyak jalur hyperspace. Jedi Knight Anakin Skywalker memimpin pertempuran di Christophsis bersama Obi-Wan Kenobi dan Kapten Rex. Saat pasukan klon mulai terdesak, datang Jedi muda bernama Ahsoka Tano yang dikirim Master Yoda untuk menjadi Padawan Anakin.

Dengan bantuan Ahsoka dan Obi-Wan, Anakin berhasil menghancurkan perisai energi musuh. Namun ancaman lain segera muncul ketika Count Dooku menculik Rotta, bayi putra Jabba the Hutt, demi menarik dukungan para Hutt ke pihak Separatis. Obi-Wan mencoba bernegosiasi dengan Jabba, sementara Anakin dan Ahsoka dikirim ke planet Teth untuk menyelamatkan Rotta.

Di biara tempat Rotta disekap, Anakin dan Ahsoka berhasil menemukan sang bayi yang sedang sakit. Mereka kemudian sadar bahwa penculikan itu hanyalah jebakan Dooku agar Jedi disalahkan, sehingga para Hutt membenci Republik dan mendukung Separatis. Keduanya pun harus kabur sambil melindungi Rotta dari serangan Asajj Ventress.

Sementara itu, Padmé Amidala menyelidiki pamanda Jabba bernama Ziro di Coruscant. Ia menemukan bahwa Ziro bersekongkol dengan Dooku untuk menjatuhkan Jabba dan merebut kekuasaan klan Hutt. Meski sempat ditahan, Padmé berhasil lolos dengan bantuan C-3PO dan membuat Ziro akhirnya ditangkap.

Anakin dan Ahsoka membawa Rotta ke Tatooine, tetapi kapal mereka ditembak hingga jatuh jauh dari istana Jabba. Dalam perjalanan, Anakin berduel dengan Dooku sambil mengalihkan perhatian musuh. Ternyata Rotta diam-diam dibawa Ahsoka dengan selamat menuju Jabba.

Awalnya Jabba masih ingin menghukum mereka, tetapi Padmé membongkar pengkhianatan Ziro. Jabba pun sadar dirinya ditipu dan setuju menandatangani perjanjian yang memberi Republik akses melintasi wilayah Hutt. Hubungan Anakin dan Ahsoka juga mulai tumbuh sebagai guru dan murid.