Film thriller misteri Svaha: The Sixth Finger mengisahkan penyelidikan rumit yang menghubungkan sekte keagamaan misterius, ramalan kuno, dan serangkaian pembunuhan yang terjadi selama bertahun-tahun.

Cerita berpusat pada Lee Geum-hwa, gadis yang lahir pada tahun 1999 bersama saudara kembarnya yang memiliki kondisi fisik sangat tidak biasa. Karena dianggap sebagai "makhluk" dan diperkirakan tidak akan bertahan hidup, keberadaan sang saudari disembunyikan sejak lahir. Setelah kedua orang tuanya meninggal, Geum-hwa tumbuh bersama kakek-neneknya di desa terpencil, sementara saudara kembarnya dikurung di sebuah gudang dan dijauhkan dari masyarakat.

Di sisi lain, Pendeta Park Ung-jae dikenal sebagai sosok yang kerap membongkar sekte dan organisasi keagamaan mencurigakan. Ia mulai menyelidiki Dongbanggyo, sebuah kelompok misterius yang beroperasi di wilayah Gangwon. Awalnya sekte tersebut tampak seperti aliran Buddha biasa, tetapi penyelidikan mengungkap ajaran rahasia, kitab suci terlarang, serta sosok pemimpin yang diyakini memiliki kekuatan luar biasa.

Saat yang sama, polisi menemukan jasad seorang gadis muda yang menjadi korban pembunuhan. Dari serangkaian petunjuk, Pendeta Park menemukan hubungan antara kasus tersebut dengan ramalan kuno tentang “ular” yang akan menghancurkan "cahaya". Ramalan itu membuat sejumlah anggota sekte memburu gadis-gadis yang lahir pada tahun 1999 di daerah tertentu karena dianggap sebagai ancaman bagi pemimpin mereka.

Penyelidikan semakin dalam ketika Park menemukan bahwa pendiri sekte, Kim Je-seok, diduga masih hidup meski seharusnya telah berusia lebih dari satu abad. Ia juga mengetahui bahwa empat murid setia sekte telah melakukan berbagai kejahatan demi melindungi sang pemimpin yang mereka anggap sebagai sosok suci.

Puncak cerita terjadi ketika Geum-hwa diculik oleh Gwangmok, salah satu pengikut sekte. Namun, pertemuannya dengan saudara kembar Geum-hwa mengubah keyakinannya. Ia mulai menyadari bahwa selama ini dirinya dimanfaatkan oleh Kim Je-seok demi mempertahankan kekuasaan dan memperpanjang hidup.

Kebenaran akhirnya terungkap, sosok yang selama ini dianggap "cahaya" ternyata hanyalah manusia yang terobsesi menghindari kematian. Dalam konfrontasi terakhir, Gwangmok berbalik melawan Kim Je-seok dan mengakhiri hidup pemimpin sekte tersebut. Setelah semua misteri terpecahkan, Pendeta Park harus menghadapi krisis keyakinan akibat kenyataan yang ia saksikan selama penyelidikan.