Film thriller mata-mata berlatar masa penjajahan Jepang The Age of Shadows mengisahkan konflik antara perjuangan kemerdekaan Korea dan permainan identitas yang penuh pengkhianatan.

Cerita dimulai ketika anggota kelompok kemerdekaan Korps Pahlawan, Kim Jang-ok dan Joo Dong-sung, mendatangi seorang pria kaya bernama Kim Hwang-sub untuk mengumpulkan dana perjuangan. Namun, pertemuan itu ternyata jebakan yang membuat mereka dikepung pasukan Jepang. Dalam baku tembak sengit, Kim Jang-ok memilih bunuh diri daripada tertangkap. Di lokasi yang sama, Lee Jung-chool, mantan pejuang kemerdekaan yang kini bekerja untuk polisi Jepang, diam-diam membantu Joo Dong-sung melarikan diri.

Tindakan tersebut membuat Korps Pahlawan curiga terhadap Joo. Sementara itu, pihak Jepang memerintahkan Lee untuk menyelidiki Kim Woo-jin, salah satu tokoh penting pergerakan kemerdekaan. Meski mengetahui identitas asli masing-masing, Lee dan Kim berpura-pura menjalin hubungan baik. Di tengah tekanan dari Jepang dan pengawasan ketat rekannya, Hashimoto, Lee perlahan mulai kembali berpihak pada perjuangan kemerdekaan.

Saat berada di Shanghai, Lee direkrut oleh pemimpin Korps Pahlawan untuk membantu menyelundupkan bahan peledak ke Korea. Ia akhirnya setuju dan terlibat dalam misi berbahaya tersebut. Kecurigaan kemudian muncul bahwa ada mata- mata di dalam organisasi. Melalui jebakan yang dirancang Kim Woo-jin, terungkap bahwa pengkhianat itu adalah Jo Hwe-ryung. Dalam perjalanan kereta yang menegangkan, Kim mengeksekusinya demi menjaga keamanan organisasi.

Setibanya di Korea, kelompok perlawanan disergap polisi Jepang. Baku tembak pecah dan banyak anggota tewas atau ditangkap. Kim Woo-jin berhasil menyelundupkan bahan peledak, tetapi akhirnya tertangkap. Demi melindungi rahasia perjuangan, ia memilih menggigit lidahnya sendiri agar tidak bisa memberikan informasi saat disiksa.

Lee juga ditangkap, tetapi berhasil mempertahankan penyamarannya sebagai loyalis Jepang. Setelah bebas, ia mengetahui banyak rekannya telah gugur. Mengingat pesan terakhir Kim Woo-jin agar perjuangan tetap dilanjutkan, Lee memutuskan menyelesaikan misi mereka. Ia menanam bahan peledak di sebuah acara yang dihadiri para pejabat tinggi Jepang dan kolaborator Korea. Ledakan besar pun terjadi, menewaskan sejumlah tokoh penting penjajah.

Di akhir cerita, Kim Woo-jin yang dipenjara mendengar kabar keberhasilan misi tersebut dan tersenyum puas. Sementara itu, Lee membalas kematian sahabat lamanya dengan membunuh Kim Hwang-sub, pengkhianat yang menjadi penyebab tragedi di awal cerita.