Bane, mantan anggota League of Shadows, memimpin serangan terhadap pesawat CIA di atas wilayah Uzbekistan untuk menculik fisikawan nuklir Dr. Leonid Pavel dan memalsukan kematian Pavel dalam kecelakaan tersebut. Sementara itu, delapan tahun setelah kematian Jaksa Distrik Gotham, Harvey Dent, dan penangkapan Joker, kejahatan terorganisir di Gotham telah diberantas oleh Dent Act, sebuah undang- undang yang memberi kekuasaan lebih besar kepada kepolisian. Komisaris polisi James Gordon menyembunyikan fakta tentang aksi pembunuhan Dent dan membiarkan Batman dipersalahkan atas kejahatan itu. Bruce Wayne, yang masih berduka atas kematian Rachel Dawes, mengasingkan diri, sementara Wayne Enterprises mengalami kemunduran.

Bane bersekongkol dengan anggota dewan Wayne Enterprises, John Daggett, untuk mengambil alih perusahaan, dimulai dengan upaya membeli sidik jari Bruce. Pencuri Selina “Catwoman” Kyle mencuri sidik jari Bruce dari Wayne Manor untuk Daggett, tetapi Daggett mengkhianatinya. Selina kemudian memperingatkan polisi, yang mengejar Bane dan anak buah Daggett ke dalam selokan, sementara Catwoman melarikan diri. Anak buah Bane menangkap Gordon dan membawanya kepada Bane, tetapi Gordon berhasil melarikan diri dan ditemukan oleh petugas polisi muda John Blake, seorang yatim piatu yang berhasil menebak identitas rahasia Bruce dan membujuknya untuk kembali beraksi sebagai vigilante.

Bane menyerang Bursa Saham Gotham dan menggunakan sidik jari Bruce untuk mengesahkan serangkaian transaksi palsu, yang menyebabkan Bruce kehilangan kendali atas perusahaannya dan jatuh miskin. Batman kembali muncul untuk mengejar anak buah Bane. Karena khawatir Bruce akan tewas melawan Bane, pelayannya Alfred Pennyworth mengundurkan diri setelah mengakui bahwa ia pernah membakar surat dari Rachel yang menyatakan bahwa ia berniat menikah dengan Dent. Bane memperluas operasinya dan membunuh Daggett, sementara Bruce menjalin hubungan dengan CEO baru Wayne Enterprises, Miranda Tate.

Catwoman setuju untuk membawa Batman kepada Bane, tetapi justru menjerumuskannya ke dalam jebakan di bawah Wayne Tower. Bane menyombongkan diri bahwa ia berniat menuntaskan misi Ra’s al Ghul untuk menghancurkan Gotham City, sebelum dengan brutal melumpuhkan Batman dalam pertarungan. Ia kemudian membawa Bruce ke penjara bawah tanah kuno di Timur Tengah, tempat Bruce mengetahui bahwa anak Ra’s al Ghul lahir dan dibesarkan di sana, namun berhasil melarikan diri dengan bantuan seorang pelindung — sesuatu yang dianggap mustahil.

Sementara itu di Gotham, Bane meledakkan bahan peledak untuk menjebak pasukan polisi di saluran bawah tanah, menghancurkan semua jembatan menuju kota kecuali satu, membunuh Wali Kota Anthony Garcia di stadion Gotham, dan memaksa Dr. Pavel mengubah reaktor fusi milik Wayne Enterprises menjadi bom neutron yang tidak stabil — sebelum akhirnya membunuh Pavel di depan umum. Ia mengungkap kejahatan Dent kepada publik, membebaskan para tahanan dari Penjara Blackgate, dan mengambil alih Gotham. Ia mengasingkan serta menghukum mati kaum elit kota dalam “pengadilan rakyat” yang dipimpin oleh Jonathan Crane.