Film The Exception berlatar Perang Dunia II dan berpusat pada Kapten Wehrmacht Stefan Brandt yang ditugaskan memimpin pengamanan mantan Kaisar Jerman, Wilhelm II, di Huis Doorn dekat Utrecht, Belanda.

Meski sudah turun takhta dan tak lagi punya kekuasaan politik, Wilhelm II tetap dianggap simbol penting bagi rakyat Jerman. Karena itu, pihak Nazi khawatir ada mata-mata Sekutu yang berniat membunuhnya. Brandt mendapat misi menjaga keamanan sang Kaisar sekaligus mengawasi kemungkinan adanya agen rahasia yang menyusup.

Ajudan Kaisar, Kolonel von Ilsemann, memberi peringatan tegas agar Brandt tidak terlibat dengan para pelayan perempuan di istana. Namun peringatan itu tak bertahan lama. Brandt justru terlibat hubungan terlarang dengan salah satu pelayan, Mieke de Jong. Hubungan mereka berkembang jadi romansa penuh gairah di tengah situasi perang yang mencekam.

Suatu hari, Mieke mengungkap rahasia besar pada Brandt: ia adalah seorang Yahudi. Setelah terdiam sesaat, Brandt menjawab singkat bahwa dirinya bukan Yahudi dan meminta Mieke menyimpan rahasia itu rapat-rapat.

Di sisi lain, Inspektur Gestapo Dietrich memberi tahu Brandt bahwa intelijen Inggris memiliki agen dengan radio tersembunyi di desa sekitar. Brandt diperintahkan mencari agen kedua yang diyakini berada di dalam rumah tangga Kaisar sendiri.

Menjelang kunjungan petinggi SS, Heinrich Himmler, Brandt mencium bau minyak senjata dari kamar Mieke. Ia diam-diam mengikuti Mieke ke pendeta desa dan mendengar pengakuannya: ia siap membunuh Himmler sebagai balas dendam karena SS telah membunuh ayah dan suaminya. Namun sang pendeta menegaskan bahwa membunuh Himmler bukanlah bagian dari misi mereka.

SS akhirnya melacak sinyal radio pendeta tersebut. Ia ditangkap dan disiksa dengan brutal untuk mengungkap identitas mata-mata lain. Tak lama setelah itu, istri Kaisar yang ambisius, Hermine, mengetahui hubungan Brandt dan Mieke. Ia berharap Wilhelm memecat Mieke dan menyeret Brandt ke pengadilan militer.

Namun respons Wilhelm tak terduga. Meski tak lagi memimpin Jerman, ia menegaskan masih berkuasa atas rumahnya sendiri. Ia bahkan mengakui pernah memiliki anak di luar nikah sebelum dan sesudah menikahi istri pertamanya, Augusta Victoria of Schleswig-Holstein. Ia tak ingin bersikap munafik dan hanya meminta Brandt serta Mieke lebih berhati-hati.

Menjelang kedatangan Himmler, dilakukan penggeledahan besar-besaran. Brandt sendiri memeriksa kamar Mieke demi melindunginya. Namun ia kemudian mengetahui bahwa pendeta yang disiksa kemungkinan segera membocorkan identitas Mieke. Brandt mendesaknya untuk kabur demi keselamatan. Sayangnya, Mieke menolak pergi.