Di Tiongkok kuno, seorang panglima perang berhasil menyatukan negeri dan menjadi Kaisar pertama Dinasti Qin, dikenal sebagai Dragon Emperor. Takut kematiannya akan mengakhiri kekuasaannya, ia memerintahkan penyihir Zi Yuan mencari rahasia keabadian melalui Oracle Bones. Namun saat Zi Yuan jatuh cinta dengan Jenderal Ming, sang kaisar yang cemburu membunuh Ming. Sebagai balasan, Zi Yuan mengutuk kaisar dan pasukannya menjadi Terracotta Army alih-alih memberinya keabadian.

Beralih ke tahun 1946, setelah kejadian di film sebelumnya, Alex O’Connell, putra Rick dan Evelyn, menemukan makam sang kaisar bersama profesornya, Roger Wilson. Meski sempat diserang wanita misterius, mereka berhasil membawa sarkofagus ke Shanghai.

Sementara itu, Rick dan Evelyn ditugaskan pemerintah Inggris untuk mengembalikan artefak bernama 'Eye of Shangri-La' ke China. Saat Tahun Baru Imlek di Shanghai, keluarga O’Connell kembali berkumpul dan mengetahui bahwa Wilson ternyata bekerja untuk faksi militer pimpinan Jenderal Yang, yang ingin membangkitkan sang kaisar untuk menguasai China pasca perang.

Dengan menggunakan kekuatan dari 'Eye of Shangri-La', kaisar berhasil dibangkitkan. Ia menerima bantuan Yang, namun membunuh Wilson. Keluarga O’Connell berusaha menghentikannya bersama Lin, wanita misterius yang ternyata memiliki belati terkutuk, satu-satunya senjata yang bisa membunuh sang kaisar.

Bersama Jonathan, mereka pergi ke pegunungan Himalayas untuk mencari Shangri-La. Dengan bantuan yeti, mereka melawan pasukan Yang, namun kaisar tetap berhasil menemukan lokasi tersebut. Dalam pengejaran, Rick terluka parah, sementara Alex memicu longsoran salju untuk memperlambat musuh.

Mereka akhirnya tiba di Shangri-La, di mana Zi Yuan masih hidup dan menyembuhkan Rick. Terungkap bahwa Lin adalah putri Zi Yuan, dan keduanya hidup abadi berkat air mistis. Namun sang kaisar juga tiba, memulihkan tubuh manusianya, dan memperoleh kekuatan luar biasa.

Ia berubah menjadi naga berkepala tiga, mencuri belati, menculik Lin, dan kembali ke makamnya. Di sana, ia membangkitkan kembali pasukan Terracotta untuk menguasai dunia, dengan rencana menembus Great Wall of China agar menjadi tak terkalahkan.