Setelah kekalahan Shredder, kehidupan Teenage Mutant Ninja Turtles tak lagi kompak. Leonardo dikirim Master Splinter berlatih ke luar negeri, sementara Raphael diam-diam beraksi di malam hari sebagai vigilante bernama Nightwatcher. Donatello dan Michelangelo juga sibuk dengan kehidupan masing-masing, membuat tim kura-kura ninja itu semakin renggang.

Di New York City, taipan misterius bernama Max Winters menjalankan rencana rahasia. Ia memburu 13 monster kuno yang tersebar di berbagai tempat. Winters bekerja sama dengan ilmuwan gila serta kelompok ninja Foot Clan yang kini dipimpin Karai. Saat salah satu monster purba berhasil lepas, kekacauan mulai melanda kota.

Kembalinya Leonardo ke rumah justru memicu konflik dengan Raphael. Leonardo merasa Raphael bertindak ceroboh sebagai Nightwatcher, sedangkan Raphael kesal karena Leonardo dianggap sok memimpin. Perseteruan keduanya memuncak dalam duel sengit di atap kota yang berakhir dengan Raphael menang, namun hatinya tetap diliputi rasa bersalah.

Sementara itu, April O'Neil dan Casey Jones membantu mengungkap rencana Winters. Terungkap bahwa Winters sebenarnya makhluk abadi yang dikutuk ribuan tahun lalu. Ia ingin menangkap kembali 13 monster itu demi mengakhiri kutukan dan menebus kesalahan masa lalunya. Namun para bawahannya justru berniat mengkhianatinya.

Menyadari ancaman besar di depan mata, keempat kura-kura ninja akhirnya bersatu lagi. Leonardo dan Raphael berdamai, lalu bersama Donatello dan Michelangelo menghadapi para monster serta Foot Clan. Setelah pertarungan besar di New York, kutukan Winters berakhir dan para saudara itu kembali menjadi tim kuat yang siap melindungi kota bersama-sama.