SUNGKYUNKWAN SCANDAL bercerita tentang Kim Yun Hee yang menyamar sebagai laki-laki menggantikan kakaknya di ujian nasional untuk masuk Universitas Sungkyunkwan. Karena kecerdasannya, ia lulus dan bertemu bahkan sekamar dengan Lee Seon Joon (Park Yoochun). Dua mahasiswa lain, Ku Yong Ha (Song Joong Ki) dan Moon Jae Sin (Yoo Ah In) tahu identitas asli Lee Yoon Hee yang membuat mereka jatuh cinta kepadanya.