Orochimaru melakukan berbagai eksperimen pada tubuhnya sendiri, memodifikasi genetikanya untuk menambahkan kemampuan-kemampuan seperti keabadian. Eksperimen ini membuatnya menjadi entitas yang hampir tidak bisa dihancurkan oleh cara biasa.

Orochimaru adalah salah satu ninja yang menguasai teknik Edo Tensei, yang memungkinkan dia untuk menghidupkan kembali ninja-ninja yang sudah mati. Meskipun teknik ini digunakan untuk membangkitkan orang lain, pemahaman mendalam tentang teknik ini juga memberikan Orochimaru wawasan untuk melindungi dirinya sendiri dari kematian.

Orochimaru mengubah tubuhnya sedemikian rupa sehingga bisa memanjang, melilit, dan membelah seperti ular. Tubuh ini membuatnya lebih sulit untuk dilumpuhkan karena tidak memiliki struktur fisik manusia yang biasa.

Orochimaru memiliki pengetahuan yang sangat mendalam tentang berbagai jutsu terlarang dan ilmu hitam yang memberinya keunggulan dalam bertahan hidup. Pengetahuan ini memungkinkan dia untuk menciptakan teknik-teknik yang dapat menyelamatkan nyawanya dalam situasi berbahaya.

Orochimaru dapat menyatu dengan elemen alam, seperti masuk ke dalam pepohonan atau tanah, untuk menghindari serangan. Ini membuatnya sulit untuk dilacak dan diserang secara langsung.

Karena banyaknya teknik dan pengalaman yang dimilikinya, Orochimaru memiliki kekebalan mental yang tinggi, membuatnya sulit untuk dikendalikan atau dipengaruhi oleh genjutsu (ilusi).

Orochimaru sering kali mencuri dan meneliti DNA shinobi lain untuk menambahkan kemampuan mereka ke dalam tubuhnya. Contohnya, dia mencangkok DNA Hashirama Senju untuk mendapatkan kemampuan regenerasi yang sangat kuat.

Selain regenerasi, Orochimaru memiliki kemampuan penyembuhan otomatis yang berfungsi tanpa perlu kendali sadar. Bahkan ketika dia terkena serangan mematikan, tubuhnya dapat menyembuhkan dirinya sendiri dalam beberapa detik.