Aaraattu membawa kita ke desa Muthalakotta di Palakkad, dengan Mohanlal memerankan Neyyattinkara Gopan alias Agent X dan deretan pemain lainnya sebagai anggota Muthalakotta Battalion termasuk empat pemuda dan Guruji. Film ini memadukan aksi, intrik, dan sedikit sentuhan komedi, sambil menyingkap konspirasi besar yang mengancam keamanan desa.

Cerita dimulai setelah banjir besar tahun 2018 yang melanda Muthalakotta. Warga desa berusaha bangkit secara finansial melalui pertanian dan berbagai usaha mandiri. Empat pemuda bersama seorang Guruji tiba saat banjir dan membantu warga, lalu memutuskan untuk menetap di desa. Mereka mengambil alih sebagian besar pertanian warga dan membuka ashram untuk yoga dan kegiatan spiritual. Ketika pemerintah baru mewajibkan setiap lahan kosong menjadi lahan pertanian, warga bersama petugas RDO Anjali meminta Edathala Mathai, orang terkaya desa, untuk menyerahkan 18 hektar lahannya.

Mathai tidak ingin kehilangan lahannya dan berencana membangun township dengan mengubah kategori tanah. Ia menyewakan tanahnya kepada Gopan, yang mengaku ingin membuka budidaya ikan. Namun, Gopan justru membela warga dan membantu mereka mengembangkan pertanian, yang membuat Mathai murka. Saat Mathai mengirim preman untuk menyerang Gopan, ia berhasil melawan dan bahkan mengungkap skema pencucian uang dan hawala yang dilakukan Mathai. Ketika anak-anak Mathai mempertanyakan siapa Gopan sebenarnya, terungkap bahwa identitasnya adalah Colonel Suryachandra Lal, seorang perwira intelijen militer, yang dahulu kehilangan orangtuanya akibat serangan Muthalakotta Battalion.

Terungkap pula bahwa empat pemuda dan Guruji sebenarnya adalah anggota Muthalakotta Battalion yang menyamar demi menyelamatkan diri dari masa lalu kriminal mereka. Gopan kemudian mengatur sebuah acara besar dengan A. R. Rahman sebagai tamu kehormatan, di mana ia berhasil menghadapi kelompok tersebut dan menyerahkan mereka kepada NIA. Dalam baku tembak berikutnya, para anggota Muthalakotta Battalion dan Guruji tewas. Namun, kejutan terakhir muncul ketika terungkap bahwa Gopan bukan Suryachandra Lal asli. Ia sebenarnya adalah agen rahasia tingkat tinggi bernama Agent X yang bekerja untuk Departemen Dalam Negeri, menjalankan banyak misi rahasia dengan berbagai identitas.