Impetigore membuka cerita dengan Maya dan Dini, dua sahabat yang bekerja sebagai penjaga gerbang tol di Jakarta. Film ini diperkuat oleh deretan pemain seperti Tara Basro, Marissa Anita, Christine Hakim, Ario Bayu, Asmara Abigail, dan Faradina Mufti. Malam yang semula terasa biasa berubah menjadi horor mencekam ketika Maya hampir dibunuh oleh pria bersenjata golok yang memanggilnya "Rahayu" dan mengaku berasal dari desa terpencil bernama Harjosari. Penyerang itu akhirnya tewas ditembak polisi, tapi insiden tersebut memicu Maya untuk membuka lagi masa lalu gelap yang selama ini terkubur.

Berbekal foto lama pemberian sang bibi, yang telah membesarkannya sejak kematian misterius kedua orang tuanya, Maya menyadari bahwa ia dulu bernama Rahayu, putri dari dalang kaya Donowongso dan Shinta. Dalam foto itu, tampak Maya kecil berdiri di depan rumah besar yang kini diyakini sebagai warisan keluarga. Dengan harapan mengubah nasib, Maya dan Dini berangkat ke Harjosari untuk menemukan rumah tersebut dan menjualnya, tanpa menyangka bahwa perjalanan itu adalah tiket masuk ke teror yang jauh lebih mengerikan.

Sesampainya di Harjosari, mereka menyamar sebagai peneliti mahasiswa, tapi justru disambut tatapan dingin, gosip liar, dan kecurigaan warga. Setiap hari desa itu menggelar pemakaman anak, bahkan banyak nisan menunjukkan bayi yang baru lahir. Maya mulai menyaksikan kejanggalan yang tidak manusiawi, termasuk bayi-bayi yang lahir tanpa kulit. Dini yang terpisah dari Maya menjadi korban salah identitas. Warga desa, yang terus menunggu kembalinya Rahayu, mengira Dini adalah "Rahayu" dan membunuhnya dengan cara brutal: lehernya digorok lalu kulitnya dikuliti. Maya menyaksikan semua itu dalam ketakutan sekaligus kebingungan yang makin membesar.

Teror kian memuncak saat Maya melihat kepala desa yang juga dalang bernama Saptadi menghadiri kelahiran bayi tanpa kulit, lalu menenggelamkannya sampai mati. Dari Ratih, warga desa yang masih punya hati, Maya mendapatkan potongan puzzle mengerikan tentang kutukan desa. Dua puluh tahun lalu, Donowongso membuat perjanjian dengan iblis dan mengorbankan tiga gadis demi menyembuhkan putrinya Rahayu yang terlahir tanpa kulit. Alih-alih sembuh tanpa konsekuensi, tumbal itu memantik kutuk yang menjalar ke seluruh desa, membuat setiap bayi lahir tanpa kulit.