Dalam film Children of Heaven, kisah berfokus pada dua saudara kandung bernama Ali (Jared Ali) dan Zahra (Humaira Jahra) yang hidup dalam kondisi serba kekurangan. Mereka tinggal bersama keluarga sederhana yang harus berjuang memenuhi kebutuhan sehari-hari.

Suatu hari, masalah besar muncul ketika Zahra tanpa sengaja kehilangan sepatu sekolahnya. Karena takut membuat orang tua mereka semakin terbebani, Ali dan Zahra memutuskan untuk merahasiakan kejadian tersebut. Akhirnya, mereka harus berbagi satu pasang sepatu untuk pergi ke sekolah: Zahra memakainya di pagi hari, lalu Ali berlari cepat agar bisa memakainya saat giliran sekolahnya tiba.

Situasi itu membuat Ali terus memikirkan cara agar adiknya bisa memiliki sepatu baru tanpa membuat orang tua mereka khawatir. Kesempatan pun datang ketika ia mengetahui adanya lomba lari di sekolah dengan hadiah utama yang sangat ia harapkan. Ali pun mengikuti perlombaan tersebut dengan satu tujuan sederhana namun penuh makna, memenangkan sepasang sepatu baru untuk Zahra.