Saori Mugino adalah ibu tunggal yang membesarkan putranya, Minato, yang duduk di kelas lima SD. Awalnya semua terlihat normal, sampai Minato mulai menunjukkan perilaku aneh. Rambutnya dipotong sendiri, pulang hanya dengan satu sepatu, dan suatu malam bahkan tidak pulang sama sekali.

Saori panik dan akhirnya menemukan Minato di terowongan kereta yang sudah tidak terpakai. Sejak itu, kecurigaannya mengarah ke guru Minato, Tuan Hori. Saori yakin ada sesuatu yang tidak beres di sekolah dan langsung mengonfrontasi pihak sekolah. Sayangnya, respons yang ia terima dingin dan defensif. Hori pun akhirnya meminta maaf, tapi terasa tidak tulus.

Saat Saori menghadapi Hori secara langsung, ia mendapat versi cerita yang berbeda. Menurut Hori, justru Minato yang merundung murid lain bernama Yori. Bingung dan tidak tahu harus percaya siapa, Saori mengunjungi rumah Yori. Ia menemukan Yori juga terlihat aneh dan tertutup, tapi jelas peduli dan menyayangi Minato.

Situasi makin rumit ketika Hori dipecat karena tekanan sekolah yang ingin menjaga reputasi. Namun beberapa hari kemudian ia kembali ke sekolah, dan Minato terjatuh dari tangga saat mencoba menghindarinya. Ketegangan makin memuncak saat hujan badai, Hori datang ke rumah Saori untuk meminta maaf, tapi Minato sudah menghilang.

Cerita kemudian mundur ke sudut pandang Hori. Dari matanya, Minato terlihat seperti anak yang bermasalah. Ia melempar barang teman sekelas dan seolah mengurung Yori di toilet. Hori bahkan sempat mengunjungi rumah Yori dan menemukan ayahnya, Kiyotaka, seorang pecandu alkohol yang kasar.

Saat Saori mulai menyelidiki, pihak sekolah justru menekan Hori agar diam demi menjaga nama baik institusi. Ia dipaksa mengundurkan diri, dihujani wartawan, dan ditinggalkan pacarnya. Dalam kondisi terpuruk, ia kembali ke sekolah untuk menghadapi Minato dan sempat berpikir untuk mengakhiri hidupnya setelah insiden jatuh dari tangga.

Saat badai datang, Hori menyadari sesuatu dari pola tugas lama Yori yang membentuk nama Minato. Ia akhirnya mengerti bahwa hubungan keduanya bukan perundungan, melainkan perasaan cinta yang belum mereka pahami sepenuhnya. Hori bergegas ke rumah Saori untuk meminta maaf dan mengatakan pada Minato bahwa tidak ada yang salah dengannya. Tapi Minato sudah pergi.

Mereka lalu mencari ke terowongan kereta dan menemukan gerbong tua yang hampir tertimbun lumpur. Di dalamnya hanya ada ponco milik Minato.

Bab terakhir memperlihatkan sudut pandang Minato. Yori sering dirundung karena sikapnya yang pendiam dan dianggap feminin. Mereka semakin dekat, berbagi rahasia, dan bermain bersama. Minato sering bersikap kasar di depan orang lain demi menutupi perasaannya sendiri.

Saat hubungan mereka makin dalam dan terasa romantis, Minato dilanda kebingungan. Ia merasa bersalah dan takut tidak menjadi anak yang "pantas" bagi ayahnya yang sudah meninggal. Di rumah Yori, situasi juga tidak aman karena ayah Yori yang kasar. Dalam satu malam hujan badai, Minato menemukan Yori penuh memar di bak mandi. Mereka lalu kabur bersama ke gerbong kereta tua, tempat persembunyian mereka.

Setelah badai reda, keduanya keluar dari bawah gerbong dan bertanya-tanya apakah mereka telah "terlahir kembali". Mereka berlari melintasi ladang, dan jalan yang sebelumnya tertutup pagar kini terbuka lebar, seolah memberi harapan baru.

Film ini bukan sekadar drama sekolah. Ini tentang sudut pandang, kesalahpahaman orang dewasa, luka keluarga, dan cinta pertama yang rapuh tapi tulus.