Film Nagabonar Jadi 2 kembali menghadirkan kisah hubungan ayah dan anak yang dibalut dengan humor sekaligus konflik nilai antara generasi lama dan generasi baru.

Cerita berpusat pada hubungan Nagabonar (Deddy Mizwar) dan putranya, Bonaga (Tora Sudiro), yang kini hidup dalam dinamika kehidupan kota besar. Bonaga telah menjadi pengusaha muda sukses di Jakarta dan tengah mendapatkan proyek besar dari sebuah perusahaan Jepang untuk membangun resort mewah. Namun, masalah muncul ketika lokasi yang diincar perusahaan tersebut ternyata adalah perkebunan kelapa sawit milik ayahnya di kampung.

Demi melancarkan proyek tersebut, Bonaga pun membawa Nagabonar ke Jakarta dengan harapan bisa membujuknya agar bersedia menjual tanah tersebut. Sayangnya, usaha itu tidak berjalan mudah. Nagabonar dengan tegas menolak menjual perkebunan yang sangat berarti baginya. Selain menjadi sumber kehidupannya, di tanah itu juga terdapat makam istrinya, ibunya, serta sahabatnya, Bujang.

Penolakan Nagabonar semakin kuat ketika ia mengetahui bahwa calon pembeli tanah tersebut adalah perusahaan Jepang. Bagi Nagabonar yang pernah merasakan masa penjajahan, Jepang masih dianggap sebagai penjajah sehingga ia semakin bersikeras mempertahankan tanahnya.

Di tengah upaya saling memahami cara pandang dan nilai hidup masing-masing, Bonaga harus menghadapi tekanan waktu dari perjanjian bisnisnya. Namun pada akhirnya, ia memilih membatalkan kesepakatan tersebut. Bonaga sadar bahwa ayahnya sebenarnya sangat berat jika harus melepas tanah tersebut. Karena rasa sayangnya kepada sang ayah, ia rela mengorbankan proyek besar demi menjaga perasaan Nagabonar.