Aaraam Thampuran dibintangi Mohanlal sebagai Jagannathan yang kemudian dikenal sebagai Kanimangalam Jagannathan Thampuran. Film ini mengikuti kisah Jagannathan, tangan kanan sekaligus penegak keadilan bagi taipan bisnis Mumbai, Nandakumar. Saat Nandakumar terancam rugi besar akibat manuver bisnis manajernya, Jagannathan turun tangan dan memaksa kesepakatan dibatalkan, menyelamatkan perusahaan temannya dari kehancuran finansial. Sebagai balasan, Jagannathan hanya meminta satu hal sederhana, membeli sebuah kovilakam atau istana tua di desa Kanimangalam, Kerala, atas nama Nandakumar.

Kedatangan Jagannathan ke Kanimangalam bukan tanpa hambatan. Ia langsung berhadapan dengan Kulappully Appan Thamburan, tuan tanah feodal yang menyimpan dendam lama terhadap istana tersebut. Kebencian Appan bahkan membuat festival tahunan kuil terhenti selama 16 tahun, yang diyakini warga memicu murka dewi setempat. Meski ditekan dan diintimidasi, Jagannathan berhasil mendaftarkan kepemilikan istana dan memilih tinggal di sana sebagai wakil Nandakumar.

Istana itu dihuni oleh musisi tua Krishna Varma dan putri angkatnya, Unnimaya. Awalnya canggung, tetapi perlahan mereka melihat ketulusan Jagannathan. Ia mulai membantu persoalan warga dan mendapatkan tempat di hati masyarakat. Ketika warga memutuskan menghidupkan kembali festival kuil, Jagannathan memimpin persiapan dengan penuh semangat. Kedekatannya dengan Unnimaya pun berkembang menjadi benih cinta, meski sahabat lamanya, Nayanthara, sempat datang dan menyatakan ingin menikah dengannya.

Konflik memuncak saat Appan menghalangi ritual suci dengan memengaruhi kepala pendeta agar menolak memimpin upacara. Jagannathan mengambil langkah nekat dengan membawa pendeta muda agar festival tetap berjalan. Di tengah situasi panas, Nandakumar tiba dalam kondisi mabuk dan menuntut Jagannathan meninggalkan istana. Demi menyelamatkan tradisi dan warga, Jagannathan mengurung temannya sementara dan tetap melaksanakan ritual.

Di momen penting itu terungkap identitas asli Jagannathan sebagai putra kepala pendeta yang dulu difitnah mencuri perhiasan dewi. Ia kembali mengenakan benang suci dan menjalankan ritual dengan penuh pengendalian diri. Saat anak buah Appan menyerang warga, pendeta muda menggantikan posisi Jagannathan sehingga ia bisa turun tangan membela desa. Pertarungan sengit berakhir dengan kekalahan Appan dan festival pun sukses digelar kembali.

Pada akhirnya, Jagannathan hendak menyerahkan istana kembali kepada Nandakumar. Namun melihat kecintaan rakyat pada Jagannathan, Nandakumar justru memberikan kepemilikan penuh kepadanya. Aaraam Thampuran menjadi kisah tentang kepemimpinan, kehormatan, dan warisan tradisi yang diperjuangkan dengan keberanian.