Di pesisir Irlandia, kediaman keluarga Fowl mendadak diserbu media. Pasalnya, serangkaian artefak legendaris dunia yang dicuri dikaitkan dengan pengusaha kaya Artemis Fowl Sr. Di rumah itu, Mulch Diggums, seorang kurcaci pencuri, ditangkap dan diinterogasi intelijen Inggris.

Mulch mengklaim bahwa majikannya telah mencuri benda superkuat bernama Aculos. Untuk membuktikan bahwa sihir itu nyata, Mulch mulai menceritakan kisah Artemis Fowl Jr. Tiga hari sebelumnya, Artemis Fowl Jr., bocah jenius berusia 12 tahun, tinggal di Fowl Manor bersama ayahnya yang duda.

Suatu hari, Artemis Sr. menghilang saat berlayar, dan dituduh mencuri artefak-artefak tak ternilai yang ditemukan di kapalnya. Tak lama kemudian, Artemis Jr. menerima panggilan dari sosok misterius berkerudung. Sang penculik mengaku menahan ayahnya dan memberi waktu tiga hari bagi Artemis untuk menemukan Aculos, benda yang ternyata telah dicuri dan disembunyikan ayahnya.

Dengan bantuan pengawalnya yang setia, Domovoi 'Dom' Butler, Artemis menemukan perpustakaan rahasia di dalam rumah. Di sana tersimpan catatan turun-temurun keluarga Fowl yang membuktikan keberadaan makhluk-makhluk magis selama ratusan tahun.

Jauh di bawah inti Bumi, terdapat Haven City, kota futuristik tempat bangsa peri tinggal. Mulch, si pencuri kurcaci, bertemu dengan petugas polisi peri LEPrecon bernama Holly Short saat ia dibawa ke penjara.

Komandan Julius Root lalu memerintahkan pasukannya mencari Aculos, sumber daya terpenting peri yang mampu memindahkan siapa pun lintas dunia, sekaligus menjadi sumber panas dan cahaya utama bagi mereka. Foaly, penasihat teknis LEPrecon yang berbentuk centaurus, mendeteksi adanya makhluk ilegal di permukaan Bumi.

Holly ditugaskan menyelidiki, meski masa lalunya kelam, ayahnya, Beechwood Short, pernah mencuri Aculos dan tewas karenanya. Di Martina Franca, Italia, Holly menghentikan serangan troll liar di sebuah pesta pernikahan manusia. Dengan teknologi 'pembekuan waktu', LEPrecon berhasil menaklukkan troll tersebut dan menghapus ingatan para manusia yang menyaksikannya.