Film Chhaava dibuka dengan kabar duka yang mengguncang Kekaisaran Mughal. Seorang utusan memberi tahu Kaisar Aurangzeb tentang wafatnya Chhatrapati Shivaji Maharaj. Meski mengakui kehilangan musuh tangguh, Aurangzeb justru memerintahkan perayaan, sementara para pejabatnya yakin Konfederasi Maratha akan segera runtuh.

Namun, harapan itu pupus ketika putra sekaligus penerus Shivaji, Sambhaji, segera mengambil alih perlawanan. Ia melancarkan serangan mendadak ke Burhanpur, salah satu provinsi penting Mughal. Pasukan Mughal yang lengah pun berhasil dikalahkan.

Dalam pertempuran itu, Sambhaji sempat terjebak dalam sebuah ruangan berisi singa, namun dengan keberanian luar biasa, ia berhasil mengalahkan hewan buas tersebut dengan tangan kosong. Kabar ini membuat Aurangzeb sadar bahwa perlawanan Maratha masih sangat kuat, hingga ia pun memulai ekspedisi militer besar-besaran untuk mempertahankan kekuasaannya.

Sekembalinya ke rumah, Sambhaji disambut hangat oleh istrinya, Yesubai, dan secara resmi dinobatkan sebagai Chhatrapati. Namun, konflik internal mulai muncul ketika ibu tirinya, Soyarabai, bersama beberapa pejabat seperti Annaji Datto Sachiv, bersekongkol untuk menggulingkannya dan mengangkat Rajaram, putra Soyarabai, sebagai raja.

Di sisi lain, pasukan Aurangzeb terus melakukan penyerangan brutal ke desa-desa, menimbulkan korban jiwa, pembakaran, serta penderitaan bagi rakyat yang dijadikan budak. Dalam situasi itu, Mirza Muhammad Akbar, putra Aurangzeb yang memberontak, meminta bantuan Sambhaji.

Awalnya ragu, Sambhaji akhirnya tergerak setelah mengetahui adanya komunikasi rahasia antara Akbar dan Soyarabai. Ia pun berjanji melindungi Akbar, sekaligus menghukum para pengkhianat, sementara Soyarabai dihadapkan pada Hambirrao Mohite, saudara kandungnya yang setia kepada Sambhaji.

Sambhaji kemudian menerapkan taktik perang gerilya untuk melawan pasukan Mughal, yang membuat mereka mengalami kerugian besar, terutama karena medan Deccan yang sulit. Setelah Soyarabai meninggal karena sakit, Sambhaji mengambil tanggung jawab atas Rajaram dan menikahkannya dengan Tarabai, putri Hambirrao. Namun, Hambirrao sendiri gugur dalam pertempuran.

Sementara itu, Aurangzeb merasa terhina atas kekalahan yang terus dialaminya dan bersumpah tidak akan mengenakan mahkota hingga Sambhaji berhasil dikalahkan. Putrinya, Zinat-un-Nissa, mencoba menangkap Mirza Akbar, tetapi rencana itu digagalkan oleh Sambhaji yang tetap berpegang pada janjinya. Mengetahui banyak Jagirdar mulai berpaling, Sambhaji mengadakan pertemuan di Sangameshwar untuk membangkitkan semangat mereka agar tetap berjuang.

Namun, pengkhianatan datang dari orang terdekat. Saudara-saudara Yesubai yang menyimpan dendam diam-diam membantu pihak Mughal menemukan lokasi Sambhaji pada suatu malam, saat ia hanya bersama pasukan kecil berjumlah 150 orang.