Chicken Run: Dawn of the Nugget melanjutkan kisah para ayam pemberontak dengan menghadirkan Ginger disuarakan oleh Thandiwe Newton, Rocky oleh Zachary Levi, Molly oleh Bella Ramsey, Mrs. Tweedy oleh Miranda Richardson, Dr. Fry oleh David Bradley, Nick oleh Romesh Ranganathan, Fetcher oleh Daniel Mays, serta anggota geng lama seperti Babs oleh Jane Horrocks, Bunty oleh Imelda Staunton, Mac dan Fowler oleh David Bradley. Film ini membuka bab baru setelah para ayam berhasil kabur dari peternakan Mr. dan Mrs. Tweedy dan akhirnya menemukan rumah aman di sebuah pulau tenang di tengah danau.

Di tempat persembunyian yang damai itu, para ayam hidup bebas tanpa bayang- bayang manusia. Ginger dan Rocky kini berperan sebagai orang tua bagi anak mereka, Molly, seekor anak ayam yang tumbuh menjadi sosok ceria dan penuh rasa ingin tahu. Nick dan Fetcher, dua tikus setia, rutin datang membawa persediaan, menjaga komunitas kecil ini tetap berjalan. Namun, ketenangan itu perlahan terusik ketika Ginger melihat aktivitas mencurigakan di daratan utama. Truk-truk besar dan pembangunan baru memicu kekhawatirannya bahwa ancaman lama bisa saja kembali.

Chicken Run: Dawn of the Nugget menyorot perubahan perspektif Ginger sebagai pemimpin sekaligus ibu. Ia menjadi jauh lebih waspada dan mendorong komunitasnya untuk bersembunyi lebih rapi. Sementara itu, Molly justru merasa dunia luar terlalu menarik untuk diabaikan. Rasa penasaran itu membuatnya nekat menyelinap ke daratan, di mana ia hampir celaka sebelum diselamatkan oleh ayam muda lain bernama Frizzle. Persahabatan singkat ini membawa mereka ke petualangan berbahaya ketika keduanya menumpang truk penuh ayam menuju Fun-Land Farms, sebuah tempat yang tampak seperti surga penuh hiburan.

Di sisi lain, Ginger dan Rocky membentuk tim pencari bersama Babs, Bunty, Mac, dan Fowler. Penyelidikan mereka mengungkap fakta mengejutkan bahwa Fun-Land Farms bukanlah peternakan biasa, melainkan fasilitas pemrosesan ayam berteknologi tinggi dengan sistem keamanan ketat. Saat Molly dan Frizzle menjelajah area hiburan yang dipenuhi wahana dan permainan, mereka menyadari semua ayam memakai kalung elektronik bernomor. Kalung itu ternyata mampu menekan rasa takut dan mengubah ayam menjadi sosok patuh tanpa pikiran.