Charles Darwin digambarkan sebagai seorang naturalis Inggris yang masih muda, sudah berkeluarga, dan menjalani hidup tenang di sebuah desa yang indah. Ia dikenal jenius, emosional, dan sangat menyayangi istri serta anak-anaknya.

Ikatan terkuatnya terjalin dengan putri sulungnya, Annie, bocah 10 tahun yang cerdas, penuh rasa ingin tahu, dan kritis. Darwin sering mengajarinya soal alam dan sains, termasuk teori evolusi, sekaligus membagikan kisah-kisah petualangannya ke berbagai belahan dunia.

Salah satu cerita favorit Annie, meski berakhir sedih, adalah tentang seekor orangutan muda bernama Jenny, yang dibawa dari Borneo ke Kebun Binatang London dan akhirnya meninggal karena pneumonia dalam pelukan penjaganya.

Kehangatan hubungan ayah dan anak ini terguncang ketika Darwin mengetahui bahwa pendeta keluarga menghukum Annie dengan memaksanya berlutut di atas garam batu. Hukuman itu diberikan karena Annie berani membantah pendeta soal dinosaurus yang ia yakini sudah punah sejak lama.

Pandangan Annie jelas bertentangan dengan ajaran gereja saat itu, yang meyakini bahwa kehidupan bersifat tetap dan Bumi masih sangat muda, sebuah keyakinan yang dikenal sebagai Young Earth Creationism, yang kala itu dianggap ajaran baku oleh kelompok Seventh-day Adventists. Insiden ini membuat Darwin semakin gusar, karena menyentuh langsung konflik antara ilmu pengetahuan dan doktrin agama.

Lima belas tahun setelah kembali dari ekspedisinya di Kepulauan Galapagos, Darwin masih berjuang menyelesaikan naskah tentang temuannya yang akan menjabarkan teori evolusi. Penundaan ini bukan karena kurang ide, melainkan kegelisahan batin, terutama hubungannya dengan sang istri, Emma, yang sangat religius dan menentang gagasan Darwin. Bagi Emma, teori tersebut mengancam fondasi teologi Anglikan yang ia yakini.

Emma dihantui ketakutan bahwa suatu hari nanti ia akan masuk surga, sementara Darwin tidak, dan mereka akan terpisah selamanya. Ketegangan antara cinta, iman, dan ilmu pengetahuan inilah yang terus menghantui Darwin, baik sebagai ilmuwan maupun sebagai kepala keluarga.