KLovers, kisah Dhurandhar dibuka pada 30 Desember 1999, saat Menteri Luar Negeri India Devavrat Kapoor dan Direktur Intelijen IB Ajay Sanyal terpaksa bernegosiasi dengan teroris Zahoor Mistry. Demi menyelamatkan penumpang pesawat yang disandera di Kandahar, mereka harus membebaskan tiga teroris, termasuk saudara Zahoor, plus membayar tebusan sebesar USD 10 juta atau sekitar Rp168,1 miliar.

Meski kepala R&AW, K. S. Bhullar, menolak ide penyusupan ke jaringan teroris di Pakistan, situasi berubah drastis setelah serangan Parlemen India tahun 2001. Kapoor akhirnya menyetujui operasi rahasia bernama Operation Dhurandhar, yang dipimpin oleh Sanyal.

Sanyal mengirim agen rahasia Hamza Ali Mazari menyusup ke Pakistan lewat perbatasan Torkham, Afghanistan. Di kawasan Lyari, Karachi, Hamza menyamar sebagai pekerja kedai jus dan tinggal bersama Mohammed Aalam, sambil mempelajari peta kekuasaan geng-geng lokal. Karena latar belakangnya sebagai orang Baloch, Hamza hanya bisa mendekat ke geng pimpinan Rehman Dakait dan wakilnya yang juga sepupunya, Uzair Baloch.

Konflik memanas ketika Hamza mengetahui rencana pembunuhan Naieem Baloch, putra sulung Rehman, oleh geng Pathan pimpinan Babu Dakait, ayah Rehman sendiri yang telah lama bermusuhan. Serangan brutal terjadi di sebuah pesta pernikahan. Hamza berhasil menyelamatkan Faizal, adik Naieem, tapi Naieem tewas. Aksi Hamza menarik perhatian Rehman dan Uzair, yang kemudian merekrutnya setelah melihat kemampuan tempurnya.

Meski ada peringatan dari politisi lokal Jameel Jamali agar tidak membalas sebelum pemilu Lyari, Hamza justru mendorong balas dendam. Geng Rehman menyerang habis-habisan kelompok Babu, dan Rehman sendiri membunuh ayahnya, menegaskan dominasi Baloch di Lyari.

Di tengah konflik, Hamza menjalin hubungan asmara dengan Yalina, putri Jameel. Sementara itu, Rehman mulai masuk dunia politik dengan dukungan Major Iqbal dari ISI, difasilitasi pengusaha Khanani bersaudara. Hamza kemudian mengetahui keterlibatan Iqbal dalam peredaran uang palsu dan rencana teror besar terhadap India. Informasi ini diam-diam diteruskan ke IB lewat Aalam.

Aliansi Rehman dengan elite politik membuat Jameel tersingkir. Sebagai balasan, Jameel merekrut polisi kontroversial Chaudhary Aslam untuk menjatuhkan Rehman melalui Lyari Task Force. Rehman akhirnya ditangkap, tapi Hamza tak tinggal diam. Ia membocorkan video rahasia yang merekam kolusi Jameel, Aslam, dan gangster Arshad Pappu. Ketika tekanan belum cukup, Hamza dan Uzair melakukan langkah ekstrem dengan menyandera dan menyiksa anggota task force secara live demi memaksa pembebasan Rehman.