Setelah sang ibu meninggal dunia, Mary Katherine alias M.K. yang berusia 17 tahun pindah ke Danbury, Connecticut, untuk tinggal bersama ayahnya, Profesor Bomba, seorang ilmuwan eksentrik. Seumur hidupnya, Bomba meneliti Leafmen, pasukan kecil humanoid yang bertugas melindungi hutan di sekitar rumah mereka dari makhluk jahat bernama Boggans.

Sayangnya, M.K. sama sekali nggak percaya dengan penelitian ayahnya dan menganggap semua itu cuma omong kosong belaka. Di sisi lain, ada Nod, Leafman muda yang mandiri tapi agak rebel. Ia memutuskan keluar dari pasukan, membuat pemimpinnya yang tegas, Ronin, kesal. Padahal Ronin pernah berjanji pada ayah Nod yang telah meninggal untuk selalu menjaganya.

Penguasa hutan yang baik hati, Ratu Tara, harus memilih penerusnya. Ia datang ke kolam bunga lily yang juga dihuni Mub, siput santai, dan Grub, siput yang bercita-cita jadi Leafman. Namun tepat setelah Tara memilih satu pod bunga, para Boggans menyerang dan berhasil mengalahkan Leafmen.

Tara melarikan diri bersama Ronin yang menunggang burung kolibri, tapi mereka dikejar Mandrake, pemimpin Boggans, dan putranya, Dagda. Ronin berhasil membunuh Dagda, tetapi Mandrake membalas dengan melukai Tara parah menggunakan panah.

Sementara itu, M.K. bertengkar dengan ayahnya soal penelitian Leafmen dan memutuskan pergi dari rumah. Di luar, ia bertemu Tara yang jatuh dari langit. Tara mempercayakan pod pilihannya pada M.K., mengecilkan tubuhnya dengan sihir, dan memintanya membawa pod tersebut ke Nim Galuu, penyihir cacing bercahaya, sebelum akhirnya meninggal.

Dalam perjalanan, M.K. ditemani Ronin, Mub, dan Grub. Ronin juga merekrut Nod, meski awalnya enggan, setelah menyelamatkannya dari Bufo, gangster kodok yang pemarah. Mereka akhirnya bertemu Nim Galuu, yang menjelaskan bahwa pod itu harus mekar malam itu juga di bawah cahaya bulan purnama.

Saat Ronin pergi, Nod mengajak M.K. naik rusa, dan kedekatan mereka pun mulai tumbuh. Sementara itu, Mandrake yang haus balas dendam atas kematian putranya menginterogasi Bufo demi mengetahui lokasi pod.

Mandrake kemudian mendatangi Nim Galuu dan mengetahui fakta mengerikan, jika pod mekar dalam kegelapan, ia akan melahirkan pangeran kegelapan yang bisa membantu menghancurkan hutan. Mandrake pun merebut pod tersebut dan menculik Mub serta Grub. Ronin pun marah besar pada Nod karena gagal menjaga pod dengan baik.