Pada malam Natal tahun 1955, Hellboy kecil diceritakan dongeng oleh ayah angkatnya, Trevor Bruttenholm, tentang perang kuno antara manusia dan makhluk magis. Dalam kisah itu, seorang pandai besi goblin menawarkan Raja elf Balor untuk menciptakan pasukan mekanis tak terkalahkan. Atas dorongan putranya, Pangeran Nuada, Balor menyetujui ide tersebut.

Pasukan yang dikenal sebagai Golden Army itu kemudian menghancurkan umat manusia. Namun, Balor menyesali keputusannya dan memilih berdamai dengan manusia. Mahkota pengendali Golden Army pun dibagi menjadi tiga bagian agar kekuatannya tidak disalahgunakan. Nuada yang menolak perjanjian damai memilih pergi dalam pengasingan.

Di masa kini, setahun setelah Hellboy menggagalkan rencana penyihir Grigori Rasputin untuk memicu kiamat, Nuada kembali dan mulai mengumpulkan potongan mahkota tersebut. Ia mendapatkan bagian pertama dengan melepaskan 'tooth fairies' yang memakan para tamu di sebuah lelang, lalu membunuh ayahnya sendiri untuk mengambil bagian kedua. Sementara itu, saudara kembarnya, Putri Nuala, melarikan diri membawa bagian terakhir.

Di sisi lain, Hellboy yang bekerja di Bureau for Paranormal Research and Defense mulai mengalami masalah dengan kekasihnya, Liz, dan merasa kesal karena harus terus beroperasi secara rahasia. Saat menyelidiki insiden pembantaian di lelang, Hellboy justru secara tak sengaja memperlihatkan dirinya ke publik.

Di tengah kekacauan itu, Abe Sapien mengetahui bahwa Liz sedang hamil, namun ia diminta untuk merahasiakan kabar tersebut.