Film ini dibuka jauh sebelum kisah utama Hunter × Hunter dimulai. Beberapa dekade lalu, Ketua Asosiasi Hunter, Isaac Netero, berhasil mengalahkan musuh kuat bernama Jed. Lompat ke masa kini, sekelompok pria berjubah menyerbu sebuah penjara, membebaskan para tahanan, dan merekrut mereka untuk sebuah rencana besar yang misterius.

Sementara itu, Gon dan Killua sedang rehat dari petualangan mereka bersama Kite dan mampir ke Heaven’s Arena. Tujuannya simpel, menyemangati Zushi yang ikut Battle Olympia Tournament, ditemani Wing dan Biscuit.

Di waktu yang sama, Leorio yang hendak menyusul mereka justru diserang dan dibuat pingsan oleh kelompok berjubah tersebut. Sebelum turnamen dimulai, Gon dan Killua menemui Netero yang juga berada di gedung arena. Namun situasi berubah drastis ketika arena dikuasai kelompok misterius itu. Salah satu dari mereka, Gaki, menggantikan lawan pertama Zushi dan langsung mengalahkannya.

Shura mengambil alih sistem keamanan, sementara Rengoku menusuk dirinya sendiri dan mengutuk Netero, menyegel Nen-nya dan membuatnya lumpuh. Pemimpin mereka kemudian muncul, menjatuhkan Gon dan Killua dari menara, meski keduanya berhasil selamat dan kembali ke dalam gedung dari lantai bawah.

Netero akhirnya mengenali pemimpin kelompok itu sebagai Jed. Terungkap bahwa Jed dulunya adalah sahabat Netero sekaligus pemimpin 'Shadow', unit operasi hitam Asosiasi Hunter. Shadow dibubarkan oleh Netero setelah mereka menggunakan 'On', kekuatan terkutuk yang berlawanan dengan Nen dan bersumber dari kebencian murni.

Tujuan Jed dan para pengikutnya adalah memaksa Asosiasi Hunter membuka 'Black Report', catatan kejahatan terhadap keturunan Shadow. Setelah Shadow dibubarkan, para keturunannya sempat hidup damai, tapi kemudian justru diburu pemerintah. Tiga penyintas, Gaki, Shura, dan Rengoku, menggunakan kebencian mereka untuk membangkitkan Jed, yang mengajarkan mereka cara menggunakan On.

Di tengah kekacauan, Gon dan Killua bertarung naik ke atas menara hingga menghadapi Gaki. Di sisi lain, Kurapika yang hadir untuk mengawal Neon berhadapan dengan Shura. Leorio muncul dari saluran bawah tanah gedung dan dibantu Hisoka, yang ternyata juga ada di arena untuk bertemu Kurapika.

Setelah Gon dan Killua mengalahkan Gaki, ia meledakkan diri sendiri karena sumpahnya menyatakan bahwa kalah dari seorang Hunter berarti kematian. Kurapika dan Leorio berhasil mengalahkan Shura, tetapi sebelum tewas, Shura menginfeksi Kurapika dengan darah Jed. Akibatnya, Nen Kurapika tersegel, dan ia diperingatkan bahwa dirinya akan mati kecuali mau menerima kekuatan On.