Jojo Rabbit, yang dibintangi Roman Griffin Davis, Thomasin McKenzie, Scarlett Johansson, Taika Waititi, dan Sam Rockwell, membuka kisahnya dengan sentuhan satire yang unik dan bikin kita langsung terpikat. Berlatar di masa akhir Perang Dunia II di kota fiksi Falkenheim, film ini mengikuti Johannes Betzler atau Jojo, bocah 10 tahun yang sangat terindoktrinasi oleh Nazisme sampai-sampai ia punya teman imajiner bernama Adolf, versi konyol dari Adolf Hitler. Jojo baru saja bergabung dengan Deutsches Jungvolk dan sangat bersemangat membuktikan dirinya sebagai patriot kecil.

Di kamp pelatihan HJ yang dipimpin Captain Klenzendorf yang penuh konflik batin, Jojo malah dianggap lemah setelah tidak sanggup membunuh seekor kelinci dengan tangannya sendiri. Dari situlah julukan "Jojo Rabbit" muncul. Terprovokasi oleh semangat palsu dari Adolf, Jojo mencoba membuktikan keberaniannya dengan melempar granat tangan dalam latihan. Sayangnya, granat itu meledak tepat di dekat kakinya, melukai dirinya cukup parah. Ibunya, Rosie, kemudian meminta Klenzendorf agar Jojo tetap bisa berkontribusi dengan mengerjakan tugas-tugas kecil di kota selama masa pemulihannya.

Saat sedang sendirian di rumah, Jojo menemukan sesuatu yang mengubah seluruh hidupnya. Ia mendapati Elsa Korr, remaja Yahudi yang dulu merupakan sahabat mendiang kakaknya, bersembunyi di balik dinding kamar Inge. Rosie ternyata diam-diam melindungi Elsa selama masa perang. Jojo yang awalnya ketakutan berubah menjadi agresif, namun ia tidak punya pilihan selain merahasiakan keberadaan Elsa, karena jika ketahuan, ketiganya akan dihukum mati. Elsa yang pintar dan tegar dengan cepat membaca pola pikir Jojo yang masih dipenuhi propaganda.

Terinspirasi ucapan asal-asalan Klenzendorf, Jojo mulai berinteraksi dengan Elsa untuk menggali apa yang ia sebut sebagai rahasia orang Yahudi sambil membuat buku bergambar berjudul Yoohoo Jew, yang menurutnya bisa membantu orang-orang mengenali kaum Yahudi. Elsa menanggapi hal ini dengan campuran sedih dan geli, karena ia sadar betapa dalamnya pengaruh indoktrinasi pada Jojo. Ia bahkan sengaja memanfaatkan berbagai stereotip absurd untuk menantang cara pikir Jojo, membuat bocah itu pelan-pelan meragukan ideologi yang selama ini ia yakini.

Lama-kelamaan, Jojo mulai jatuh hati pada Elsa. Ia menulis surat cinta yang mengatasnamakan Nathan, tunangan Elsa, hanya agar ia bisa melihat gadis itu tersenyum. Namun semakin tumbuh perasaan itu, semakin goyah pula keyakinan Jojo terhadap Nazisme. Hal ini membuat Adolf, teman imajiner sekaligus simbol dari fanatisme Jojo, merasa kecewa dan menegurnya habis-habisan karena dianggap mulai kehilangan patriotisme.