Mrs Undercover dibintangi Radhika Apte sebagai Durga, Rajesh Sharma sebagai Chief Rangeela, Sumeet Vyas sebagai The Common Man, dan Angana Roy sebagai Kajal. Film ini menggabungkan thriller pembunuhan berantai dengan sentuhan komedi gelap tentang seorang ibu rumah tangga yang ternyata adalah agen rahasia yang "tertidur" selama 13 tahun.

Cerita dibuka dengan sosok misterius yang menyebut dirinya The Common Man. Ia mendekati perempuan karier yang mandiri, mengajak berkencan, lalu membunuh mereka secara brutal di tempat sepi. Sebelum menghabisi korbannya, ia memaksa mereka merekam video pengakuan yang kemudian disebarkan ke media. Targetnya jelas, perempuan profesional yang dianggapnya melanggar "kodrat".

Sementara itu, tim pasukan khusus yang dipimpin Chief Rangeela memburu sang pembunuh berantai. The Common Man ternyata pria berkerah putih yang hidup bersama ibunya dan punya jaringan informan yang memata-matai aparat. Setelah salah satu agen tewas, Rangeela tak punya pilihan selain menghubungi Durga, mantan agen terbaik yang kini menjalani hidup sebagai ibu rumah tangga canggung dengan suami, mertua, dan anak sekolah.

Awalnya Durga menolak. Selama 13 tahun, identitas penyamarannya sebagai ibu rumah tangga sudah menjadi kehidupan nyata. Namun desakan Rangeela akhirnya meluluhkan hatinya. Tanpa pelatihan ulang demi menghindari kebocoran informasi, Durga langsung terjun ke lapangan. Ia harus membuntuti pertukaran paket misterius di Victoria Memorial dan menyelidiki jejak yang mengarah ke sebuah kampus perempuan.

Di tengah misi, Durga berkenalan dengan tetangga barunya, Ayesha. Ia juga menyamar sebagai peserta kursus di kampus yang sama, meski sempat diremehkan suaminya. Dukungan justru datang dari ibu mertuanya yang mengingatkan bahwa suami seharusnya mendukung, bukan membatasi.

Ketegangan memuncak saat Durga sadar bahwa dosen mereka, Ajay Sir, adalah The Common Man. Di siang hari ia menjadi mahasiswa biasa, di malam hari ia mengasah insting dengan pistol mainan anaknya dan video game. Konflik makin personal ketika Durga tanpa sengaja membaca chat romantis Ayesha dengan suaminya. Emosinya goyah, misinya nyaris terhenti, hingga Rangeela kembali meyakinkannya untuk menuntaskan tugas demi menghentikan teror.