Film anime petualangan Naruto the Movie 2: Legend of the Stone of Gelel menghadirkan aksi para ninja dalam misi yang berubah menjadi konflik besar. Di sebuah pantai terpencil pada malam hari, pertempuran sengit terjadi antara para ninja pasir dari Desa Sunagakure yang dipimpin oleh Gaara melawan pasukan prajurit berzirah besar mirip robot.

Setelah pertarungan sengit, para ninja pasir akhirnya berhasil mendominasi pertempuran. Namun saat pasukan lawan mundur kembali ke laut, mereka menembakkan suar ke langit malam yang mengungkap keberadaan sebuah kapal perang raksasa yang menunggu di lepas pantai.

Di tempat lain, Naruto Uzumaki bersama Shikamaru Nara dan Sakura Haruno sedang menjalankan misi sederhana untuk menemukan seekor musang peliharaan yang hilang. Namun misi itu berubah berbahaya ketika mereka tiba-tiba diserang oleh para prajurit berzirah tersebut, bersama seorang ksatria misterius bernama Temujin.

Dalam pertarungan singkat, Naruto dan Temujin terpental dari tebing setelah terkena serangan. Shikamaru dan Sakura berlari ke tepi tebing untuk mencari keberadaan Naruto.

Tiba-tiba, sebuah mesin raksasa yang tampak seperti katedral bergerak muncul menerobos hutan dan berhenti tidak jauh dari sana. Sementara itu Naruto dan Temujin tersadar dan mendapati diri mereka berada dalam sebuah kafilah yang sedang bergerak, dipimpin oleh Kahiko dan Emina.

Musang yang mereka cari, bernama Nerugui, ternyata selamat dari jatuhnya tebing dan justru tampak menyukai Temujin. Hal itu membuat Kahiko kesal, karena Naruto kemudian mengetahui bahwa Kahiko-lah yang memerintahkan misi pencarian hewan tersebut sejak awal.

Di sisi lain, Shikamaru menyelidiki bangunan mirip katedral raksasa tadi dan menemukan sebuah ruangan penuh kapsul berisi manusia. Ia melihat dua orang, Kamina dan Ranke, rekan Temujin, mengaktifkan kapsul tersebut. Ternyata kapsul itu digunakan untuk memindahkan jiwa manusia ke dalam tubuh para prajurit berzirah.

Tak lama kemudian Temujin meninggalkan kafilah untuk kembali ke kelompoknya sendiri, dengan Naruto ikut bersamanya. Ketika tiba di katedral raksasa itu, Temujin memperkenalkan Naruto kepada pemimpin mereka, seorang pria bernama Master Haido.