Passages dibuka dengan kisah Tomas yang diperankan Franz Rogowski, seorang sineas asal Jerman yang tinggal di Paris, bersama suaminya Martin yang dimainkan Ben Whishaw, seorang pencetak buku asal Inggris, serta Agathe yang diperankan Adèle Exarchopoulos, guru sekolah dasar muda yang kelak mengubah arah hubungan mereka. Usai merampungkan film terbarunya, Tomas menghadiri pesta pemain di sebuah klub malam. Di sana, Martin memilih pulang lebih awal karena lelah, sementara Tomas justru larut menari dan berkenalan dengan Agathe. Malam itu berujung pada hubungan intim yang menjadi titik awal kekacauan emosional dalam rumah tangga Tomas dan Martin.

Keesokan harinya, Tomas dengan jujur namun terasa dingin mengakui perselingkuhannya pada Martin. Ia mengaku merasakan kembali gairah hidup yang sudah lama hilang. Pengakuan ini melukai Martin, yang butuh waktu untuk mencerna kenyataan tersebut. Ketegangan muncul ketika Tomas mencoba pergi dari apartemen mereka, tetapi justru tertahan oleh momen lembut yang membuat keduanya seakan masih ingin bertahan. Sayangnya, keraguan itu tak berlangsung lama. Tomas kembali menemui Agathe di ruang editing dan hubungan terlarang mereka berlanjut.

Konflik makin meruncing saat Tomas dan Martin pergi ke rumah pedesaan mereka. Tomas menuding hubungan mereka terlalu aman dan bisa ditebak, sementara Martin menilai Tomas sudah jatuh cinta pada Agathe. Sepulang ke Paris, Martin bertemu Amad, seorang penulis, lewat teman bersama. Kehadiran Amad memicu kecemburuan Tomas, yang bersikap dingin dan meremehkan. Ironisnya, Tomas justru berbohong soal pekerjaannya dan menghabiskan malam bersama Agathe. Di pagi hari, setelah Agathe menyanyikan lagu masa kecilnya, Tomas mengaku telah jatuh cinta.

Perpisahan pun terjadi. Tomas pindah ke apartemen Agathe, sementara Martin mencoba menata ulang hidupnya. Ketika Tomas kembali mengambil barang-barangnya, ia mendapati Martin tengah membaca buku karya Amad, pertanda bab baru dalam hidup sang mantan. Kecemburuan Tomas meledak saat ia tanpa izin masuk apartemen dan mendapati Amad di sana. Dalam kondisi karier yang juga goyah akibat respons buruk terhadap filmnya, Tomas mencoba mencari penghiburan pada Martin, tetapi ditolak.

Situasi menjadi makin rumit ketika Tomas memaksa bermalam di apartemen Martin dengan dalih memperbaiki atap rumah pedesaan. Malam itu, keduanya kembali terlibat hubungan intim, seolah luka lama belum sembuh. Namun pagi harinya, Tomas mengungkap kabar mengejutkan bahwa Agathe tengah mengandung, meninggalkan Martin dan penonton dalam pusaran emosi yang tak sederhana.