Setelah dikejar Kirill, Jason Bourne yang terluka berhasil menghindari polisi Moskow sambil kembali dihantui kilas balik saat pertama kali direkrut ke Operasi Treadstone.

Enam minggu kemudian, Wakil Direktur CIA Pamela Landy memutar rekaman pengakuan Ward Abbott, mantan kepala Treadstone yang telah tewas, kepada Direktur Ezra Kramer.

Di sisi lain, di Turin, jurnalis The Guardian bernama Simon Ross mulai membongkar soal Bourne dan Operasi Blackbriar, program lanjutan dari Treadstone.

Lewat sistem ECHELON, CIA mendeteksi Ross saat ia menyebut Blackbriar dalam telepon dengan editornya. Bourne, yang membaca artikel Ross, menghubunginya dan mengatur pertemuan di Stasiun Waterloo, London, setelah memberi tahu Martin Kreutz, saudara Marie, soal kematian Marie di India.

Menyadari Ross dibuntuti CIA, Bourne membantu Ross kabur. Namun, dalam kepanikan, Ross ditembak mati oleh pembunuh Blackbriar bernama Paz atas perintah Wakil Direktur Noah Vosen.

Tim Vosen, dengan bantuan Landy yang setengah terpaksa, menganalisis catatan Ross dan mengidentifikasi sumbernya sebagai Neal Daniels, kepala stasiun CIA di Madrid.

Bourne menyusup ke kantor Daniels dan bertemu kembali dengan Nicky Parsons, mantan agen Treadstone yang punya masa lalu dengannya.

Nicky mengungkap bahwa Daniels kabur ke Tangier dan membantu Bourne meloloskan diri dari kepungan unit CIA yang baru tiba.