Dua tahun setelah kejadian di film pertama, Kate Pierce yang kini berusia 13 tahun dan makin sinis merasa bete banget harus ngelewatin Natal di Cancún, Meksiko, bareng ibunya Claire, kakaknya Teddy, pacar baru ibunya Bob Booker, dan anak Bob, Jack. Kate yang kangen suasana salju di rumah diam-diam berencana kabur dan pulang duluan ke Boston.

Tanpa mereka sadari, shuttle yang mereka tumpangi ternyata dikendarai oleh Belsnickel, elf nakal yang niatnya nggak baik. Dia sengaja ngelempar Kate dan Jack ke dalam wormhole sampai mereka mendarat di Kutub Utara. Untungnya, Santa nemuin mereka dan ngebawa keduanya ke rumahnya bersama Mrs. Claus. Mereka disuguhi tur besar keliling desa Santa dan makan malam yang super hangat.

Saat malam tiba, Kate dan Jack tidur, sementara Belsnickel dan pengikutnya, Speck, mulai bergerak untuk menghancurkan desa. Mrs. Claus kemudian cerita panjang tentang asal-usul Santa, gimana dia dulunya bernama Nicholas dari Turki, hidup sebelum tahun 312 M, jadi Uskup Myra, terkenal suka berbagi hadiah untuk orang miskin, sampai akhirnya dijuluki Santo Nicholas. Dia juga diceritakan pernah nyelametin para elf dari kepunahan dan dikasih Star of Bethlehem, artefak ajaib yang bisa menghentikan waktu dan ngasih energi buat Desa Santa. Belsnickel sendiri dulunya anak asuh Santa dan Mrs. Claus, tapi makin gede makin merasa kurang diperhatikan, jadi makin berulah dan akhirnya dikutuk jadi manusia sebelum kabur.

Belsnickel lalu ngelepas kucing raksasa Yule bernama Jola ke kandang rusa dan bikin Dasher terluka. Dia juga menebar ramuan yang bikin para elf jadi kacau, lalu mencuri Christmas Star dari puncak pohon Natal. Santa dan yang lain mencoba menghentikannya, tapi bintang itu malah nggak sengaja hancur. Desa pun mati lampu total. Santa lalu membawa Kate ke Turki untuk minta bantuan para forest elves yang dipimpin Hakan agar bikin bintang baru.

Sementara itu, para elf yang kalap mulai bikin perang bola salju yang bikin Jack bisa kabur. Dia pergi nyari akar buat obat penawar ramuan itu, sementara Mrs. Claus fokus nyembuhin Dasher. Di sisi lain, Santa dan Kate berhasil ketemu para elf hutan dan dapat casing buat bintang baru, lalu Santa mengisi casing itu dengan kekuatan Star of Bethlehem.

Pas mereka mau pulang, Belsnickel datang mengejar dengan kereta yang ditarik jackalotes, hewan hasil eksperimennya. Dia mencuri bintang baru itu biar bisa menghambat proses penuannya dan waktu dia untuk nyari cara menggantikan Santa. Dia juga bawa Santa dan Kate loncat waktu ke Boston tahun 1990 lewat alat time travel yang diam-diam dia pasang di kereta Santa.

Jack berhasil nemuin akar yang dibutuhin dan bawa ke Mrs. Claus. Sementara itu di Boston, Kate mencoba beli baterai AAA buat alat time travel itu, tapi malah ditahan petugas bandara karena uangnya dianggap palsu, desainnya terlalu modern untuk tahun 1990.

Kate dikurung di ruang anak hilang sampai seorang anak bernama Doug Pierce menghiburnya dan bantu dia kabur. Setelah ketemu Santa lagi, Kate sadar Doug sebenarnya adalah mendiang ayahnya saat masih kecil. Dengan bantuan pegawai bandara bernama Grace, Santa bikin semua orang nyanyi lagu Natal sampai cuaca cerah dan semangat Natal naik, cukup tinggi untuk bikin kereta terbang lagi. Dengan baterai terpasang, mereka balik ke masa depan dan ngejar Belsnickel.

Di desa, ramuan penawar yang dibuat Mrs. Claus diubah jadi bubuk dan Jack menembakkannya lewat meriam salju sampai para elf sembuh. Santa dan Kate melaju kencang kembali ke desa sambil dikejar Belsnickel. Mrs. Claus melempar kue jahe eksplosif buat menghentikan kereta Belsnickel sebelum menabrak. Dasher yang sudah pulih membantu mengalahkan Jola, sampai akhirnya si kucing raksasa terpental jauh keluar desa.

Kate lalu menaruh bintang baru itu di puncak pohon Natal, memulihkan energi desa. Santa kemudian memberikan Belsnickel mainan pertama yang dulu mereka buat bersama. Momen itu bikin mereka baikan, dan Belsnickel kembali berubah jadi elf.

Santa mengantar Kate dan Jack kembali ke Cancún, dan keduanya menceritakan petualangan gila mereka ke Teddy. Kate pun mulai lebih menerima Bob. Film berakhir dengan Kate, ibunya, Teddy, Bob, dan Jack bernyanyi "O' Christmas Tree," sementara Santa, Mrs. Claus, Belsnickel, dan seluruh penghuni Kutub Utara ikut bernyanyi dengan damai.

Film ini digarap oleh Chris Columbus, sutradara yang terkenal lewat film-film keluarga ikonik seperti "Home Alone" dan dua film pertama "Harry Potter." Sentuhan Columbus terasa jelas terutama dalam pembangunan desa Santa, yang digarap dengan detail kaya warna, visual yang hangat, dan nuansa keajaiban khas film Natal yang klasik tapi tetap modern. Columbus juga ikut menulis naskahnya, jadi wajar kalau film ini punya atmosfer nostalgic yang nyaman banget untuk ditonton.