Tahun 1979, Michael Corleone sudah mendekati usia 60 tahun. Hidupnya kini dipenuhi rasa bersalah atas jalan berdarah yang membawanya ke puncak kekuasaan, terutama karena pernah memerintahkan pembunuhan adiknya sendiri, Fredo Corleone.

Didorong keinginan menebus dosa dan 'membersihkan nama', Michael menyumbangkan jutaan dolar untuk kegiatan amal dan berusaha menjauh dari dunia mafia. Hubungannya dengan Kay Adams pun sudah kandas, mereka bercerai dan kedua anaknya, Anthony dan Mary, tinggal bersama Kay.

Dalam sebuah resepsi kehormatan untuk Michael di Katedral St. Patrick Lama, Anthony mengumumkan niatnya keluar dari sekolah hukum demi mengejar mimpi sebagai penyanyi opera. Kay mendukung penuh, dan Michael, meski berat, akhirnya membiarkan anaknya menentukan jalan hidup sendiri.

Di momen itu pula, Kay mengungkap bahwa ia dan Anthony tahu kebenaran pahit di balik kematian Fredo. Acara tersebut juga mempertemukan Michael dengan Vincent Mancini, anak haram Sonny Corleone dari hubungannya dengan Lucy Mancini.

Connie, adik Michael, mencoba meredam konflik antara Vincent dan rivalnya, Joey Zasa. Tapi situasi memanas ketika Zasa menghina Vincent sebagai 'anak haram', yang dibalas Vincent dengan aksi brutal menggigit telinga Zasa.

Michael kesal dengan temperamen Vincent, tapi di saat yang sama terkesan dengan loyalitasnya, hingga akhirnya setuju menarik Vincent masuk ke bisnis keluarga Corleone.

Di sisi lain, urusan besar sedang menunggu. Kepala Bank Vatikan, Uskup Agung Gilday, diketahui menumpuk defisit sebesar USD 769 juta atau sekitar Rp12,9 triliun.

Michael menawarkan USD 600 juta, sekitar Rp10,08 triliun, untuk membeli saham Vatikan di perusahaan properti internasional Internazionale Immobiliare, yang akan memberinya kendali mayoritas. Dewan direksi menyetujui, tinggal menunggu restu Paus Paulus VI.

Namun, kesepakatan ini menarik perhatian dunia bawah. Don Altobello, bos mafia New York sekaligus ayah baptis Connie, menyampaikan bahwa para bos The Commission ingin ikut kecipratan.

Demi mewujudkan mimpinya keluar dari dunia kriminal secara sah, Michael memilih 'membayar' mereka dengan aset Las Vegas yang sudah ia jual.

Joey Zasa tak kebagian apa-apa. Merasa dihina dan ditinggalkan, Zasa menyatakan Michael sebagai musuh. Altobello lalu menenangkan Michael, mengklaim bisa menyelesaikan masalah Zasa secara diplomatis, sebuah janji yang kelak berbuntut panjang.