The Imaginary membuka kisahnya lewat petualangan penuh warna Rudger, sosok Imaginary yang diciptakan oleh Amanda Shuffleup, bersama Amanda dan ibunya Lizzie. Film animasi ini menempatkan kita ke dunia imajinasi yang hidup berdampingan dengan realitas, di mana makhluk khayalan hanya bisa bertahan selama masih diingat oleh penciptanya. Sejak awal, hubungan Amanda dan Rudger digambarkan begitu erat, meski bagi Lizzie, kedekatan putrinya dengan teman tak kasatmata itu terlihat mengkhawatirkan dan membuat Amanda tampak semakin menarik diri dari dunia nyata.

Masalah mulai muncul ketika Amanda dan Rudger bertemu sosok misterius bernama Mr. Bunting dalam sebuah perjalanan bersama Lizzie. Pria ini tidak hanya menyeramkan, tetapi juga ditemani oleh Imaginary miliknya sendiri, seorang gadis berpakaian hitam dengan aura muram. Mr. Bunting mengungkap jati dirinya sebagai pemburu Imaginary istimewa. Ia memburu dan melahap makhluk khayalan demi mempertahankan eksistensinya. Sejak saat itu, Rudger menjadi target berikutnya. Kepanikan memuncak ketika Amanda dan Rudger melarikan diri, hingga sebuah kecelakaan tragis terjadi dan Amanda tertabrak mobil, meninggalkan kesan bahwa nyawanya melayang.

Sendirian tanpa penciptanya, Rudger mulai menghilang sedikit demi sedikit. Sebagai Imaginary, ia tahu bahwa dilupakan berarti lenyap selamanya. Di tengah keputusasaan, muncul Zinzan, seekor kucing misterius yang mengajaknya menuju tempat perlindungan bagi Imaginary yang terancam punah. Tempat itu ternyata adalah sebuah perpustakaan di dunia nyata, di mana energi kreatif dari buku buku menjaga para Imaginary tetap hidup.

Di perpustakaan tersebut, Rudger bertemu berbagai Imaginary unik seperti Cruncher-of-Bones yang bertulang belulang, Snowflake si kuda nil, dan Emily yang berperan sebagai pemimpin komunitas. Kehidupan di sana memberi Rudger rasa aman sementara, sekaligus membuka matanya tentang nasib para Imaginary yang telah kehilangan pencipta mereka. Saat makan malam, Rudger memberanikan diri bertanya pada Emily tentang Mr. Bunting. Emily menceritakan masa lalu kelam sang pemburu yang dulunya manusia biasa, begitu putus asa mempertahankan Imaginary miliknya hingga memilih memakan Imaginary lain. Tindakan itu membuatnya bertahan hidup ratusan tahun, namun dengan harga yang mengerikan.