Film The Killing of a Sacred Deer mengisahkan Steven Murphy, seorang ahli bedah jantung di Cincinnati yang hidupnya tampak sempurna. Ia punya istri bernama Anna dan dua anak, Kim serta Bob. Tapi semuanya berubah jadi mimpi buruk setelah ia menjalin hubungan aneh dengan seorang remaja 16 tahun bernama Martin Lang.

Cerita dimulai setelah Steven selesai melakukan operasi jantung terbuka. Ia kemudian bertemu Martin di sebuah diner. Martin adalah anak dari pasien yang meninggal beberapa tahun lalu saat Steven mengoperasinya. Meski awalnya terlihat seperti hubungan mentor biasa, interaksi mereka terasa canggung dan misterius.

Steven mengundang Martin ke rumahnya untuk bertemu keluarga. Martin cepat akrab, terutama dengan Kim. Malam itu, Martin balik mengundang Steven makan malam di rumahnya. Namun setelah makan, situasi jadi tidak nyaman. Ibu Martin mulai menggoda Steven secara terang-terangan. Steven pun buru-buru pergi.

Sejak itu, Martin makin sering mencari perhatian Steven. Ia bahkan datang ke kantor Steven mengeluh sakit dada, meski hasil tes menunjukkan tidak ada masalah. Martin kembali mengundang Steven dengan alasan ibunya tertarik padanya, tapi Steven menolak. Ketegangan makin terasa saat Steven tahu Martin pernah mengantar Kim naik motor.

Lalu kejadian mengerikan dimulai. Suatu pagi, Bob tiba-tiba tidak bisa menggerakkan kakinya. Steven dan Anna panik dan membawanya ke rumah sakit. Berbagai tes dilakukan, tapi tidak ada penyebab medis yang jelas. Di tengah kekacauan itu, Martin mengungkap sesuatu yang bikin merinding.

Ia bilang, untuk 'menyeimbangkan' kematian ayahnya yang meninggal saat dioperasi Steven, Steven harus membunuh satu anggota keluarganya sendiri. Jika tidak, dalam beberapa hari seluruh keluarganya akan mati perlahan karena lumpuh, tidak bisa makan, dan berdarah dari mata.

Steven tentu tidak percaya dan mengusir Martin dari rumah sakit. Namun kondisi Bob memburuk dan ia mulai menolak makan tanpa alasan medis yang jelas.

Tak lama kemudian, Kim yang sudah jatuh cinta pada Martin tiba-tiba pingsan saat bernyanyi di paduan suara dan ikut dirawat di rumah sakit. Ia tersedak apel dan juga tidak bisa makan. Kim dan Bob akhirnya dipasangi selang makan.

Dalam tekanan yang makin berat, Steven mengaku pada Anna bahwa ia pernah minum alkohol sebelum mengoperasi ayah Martin. Pengakuan ini membuat situasi makin rumit. Martin lalu menelepon Kim dengan Anna menyaksikan. Ia menyuruh Kim berdiri dan berjalan, dan anehnya Kim benar-benar bisa melakukannya. Tapi begitu telepon ditutup, Kim kembali lumpuh.

Anna akhirnya mendatangi Martin dan memintanya menghentikan penderitaan anak-anaknya. Namun Martin tetap dingin. Baginya, ini adalah bentuk keadilan karena ia yakin Steven telah membunuh ayahnya.