The Magician’s Elephant menghadirkan kisah penuh keajaiban tentang harapan melalui karakter Peter yang diperankan Noah Jupe, Vilna Lutz sang tentara pengasuhnya, Adele sang kakak yang terpisah, Sister Marie, Leo Matiennel, sang Pesulap misterius, serta Raja dan Countess yang memegang nasib seekor gajah ajaib. Film animasi ini membawa kita ke dunia Baltese pascaperang yang dingin, suram, dan nyaris kehilangan kepercayaan pada sihir.

Kita diajak menyelami kehidupan Peter, seorang anak yatim piatu yang dibesarkan oleh Vilna Lutz setelah keluarganya tewas akibat perang. Vilna mendidik Peter dengan keras, melatihnya bertahan hidup seperti seorang prajurit. Bagi Vilna, harapan dianggap kelemahan yang bisa menghancurkan mental seorang tentara. Rasa bersalah menghantui Vilna karena ia percaya tidak berhasil menyelamatkan Adele, kakak Peter, dan memilih berbohong dengan mengatakan bahwa gadis itu telah meninggal akibat ledakan bom. Peter tumbuh dengan keyakinan bahwa ia benar benar sendirian di dunia ini.

Segalanya berubah ketika Peter, karena rasa penasaran, mendatangi seorang peramal. Dari pertemuan itu, ia mendengar sesuatu yang mengguncang keyakinannya selama ini. Adele ternyata masih hidup. Satu satunya petunjuk yang ia dapat hanyalah kalimat sederhana namun penuh makna, bahwa untuk menemukan kakaknya, Peter harus mengikuti seekor gajah. Harapan yang selama ini ditekan pun perlahan tumbuh kembali di dalam dirinya.

Di sisi lain, sebuah insiden aneh terjadi saat seorang pesulap secara tak sengaja memanggil seekor gajah dari dunia lain di tengah pertunjukan opera. Aksi yang awalnya dimaksudkan untuk mengembalikan harapan justru menimbulkan kekacauan, terutama ketika sang gajah melukai seorang bangsawan. Namun kehadiran makhluk besar ini menjadi simbol harapan baru bagi Peter yang sedang mencari kakaknya.

Adele sendiri ternyata diselamatkan oleh perawatnya, Sister Marie. Setelah menemukan kamp tentara hancur akibat bom, Sister Marie membawa Adele menjauh demi keselamatan. Ia menyimpan rasa bersalah yang sama seperti Vilna dan mencurahkan kasih sayangnya pada Adele. Saat Adele berharap bisa melihat gajah ajaib itu, Sister Marie menganggapnya sebagai tanda harapan yang tak boleh dipadamkan.

Perjalanan Peter semakin menantang ketika ia berniat membebaskan gajah yang dikurung. Dengan bantuan tetangganya, Leo Matiennel, Peter menghadapi ketakutan Countess dan syarat dari Raja yang memberinya tiga tugas berat. Salah satunya adalah menghadapi Romain De Smedt. Dalam proses itu, Peter bukan hanya mengambil kembali sebuah buku curian, tetapi juga mengubah hati orang lain melalui ketulusan dan keyakinannya.