Film The Night Owl mengangkat kisah Kyung-soo, seorang tabib akupunktur yang punya kondisi langka bernama hemeralopia alias ia buta di siang hari, tapi justru bisa melihat saat malam tiba. Meski punya keterbatasan, skill akupunkturnya nggak main-main. Bakatnya diakui oleh Lee Hyung-ik, yang kemudian membawanya masuk ke lingkungan istana. Dari sinilah hidup Kyung-soo berubah drastis.

Di waktu yang sama, Putra Mahkota Sohyeon akhirnya kembali ke Joseon setelah delapan tahun menjadi sandera Dinasti Qing. Kepulangannya seharusnya jadi momen bahagia, apalagi bagi sang ayah, Raja Injo. Tapi anehnya, di balik rasa lega itu, Injo justru diliputi kecemasan yang sulit dijelaskan. Aura istana pun terasa makin tegang dan penuh tanda tanya.

Sampai suatu malam yang gelap dan sunyi, Kyung-soo yang hanya bisa melihat dalam kegelapan tanpa sengaja menyaksikan momen mengerikan kematian Putra Mahkota Sohyeon. Ia sadar bahwa yang terjadi bukan sekadar takdir biasa. Ketika mencoba mengungkap kebenaran, Kyung-soo malah terseret ke pusaran rahasia kelam dan konspirasi besar yang mengancam nyawanya sendiri.

Sepeninggal sang putra, kondisi mental Raja Injo makin nggak stabil. Kecemasan yang tadinya samar berubah jadi paranoia dan kegilaan. Sementara itu, Kyung-soo berada di posisi serba salah, ia satu-satunya saksi dalam gelap, tapi juga target yang harus dibungkam. Di tengah tekanan politik dan intrik istana, ia berjuang mempertaruhkan segalanya demi mengungkap kebenaran di balik kematian sang putra mahkota.